ข้อมูล

การสกัด DNA จาก agarose gel

การสกัด DNA จาก agarose gel


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

เนื่องจากดีเอ็นเอสามารถละลายได้ในน้ำ เป็นไปได้ไหมที่จะสกัดผลิตภัณฑ์ PCR โดยการละลายเจลที่แยกออกซึ่งมีแถบดีเอ็นเอของความยาวที่ต้องการในน้ำ บดชิ้นเจลด้วยสาก ปั่นแยกออก แล้วปิเปตส่วนลอยเหนือตะกอนออก ?


ใช่ มันเป็นไปได้ (และฉันได้ทำมันไปแล้วนับไม่ถ้วน) - วิธีการนี้เรียกว่า "หยุดและบีบ" โดยพื้นฐานแล้วสิ่งที่คุณทำคือการเรียกใช้เจล ตัดแถบความสนใจออก (ระวังแสง UV มันจะทำให้ DNA ของคุณเสียหายและผิวไหม้จากแดดด้วย ดังนั้นให้สวมเกราะป้องกันที่เหมาะสมกับใบหน้าของคุณ) ละลายในบัฟเฟอร์ จากนั้น แช่แข็งในไนโตรเจนเหลว (หรือ -70 องศาเซลเซียส ไม่สำคัญ) แล้วปั่นแยกที่อุณหภูมิห้องเป็นเวลา 10 นาที ในช่วงเวลานี้น้ำแข็งจะละลายและเม็ดอะกาโรสที่ด้านล่าง ใช้ supernatant ทำการตกตะกอนเอทานอล (ด้วยไกลโคเจนเมื่อคุณมี DNA เพียงเล็กน้อย) และคุณมี DNA ที่ดีและสะอาด ไม่จำเป็นต้องใช้ชุดอุปกรณ์ราคาแพงและใช้เวลาประมาณ 2 ชั่วโมง

คุณสามารถหาโปรโตคอลที่ดีและละเอียดมากได้ที่นี่: "การชะ DNA จาก Agarose Gels" (คู่มือที่เหลือก็มีประโยชน์มากเช่นกัน)


การแยกดีเอ็นเอ (ขั้นตอนการสกัด) และการคัดแยก (agarose gel electrophoresis)

เทคโนโลยีชีวภาพคือการใช้วิธีการประดิษฐ์เพื่อดัดแปลงสารพันธุกรรมของสิ่งมีชีวิตหรือเซลล์เพื่อผลิตสารประกอบใหม่หรือเพื่อทำหน้าที่ใหม่

เพื่อให้บรรลุผลที่นักเทคโนโลยีชีวภาพจะต้องสามารถ สารสกัด, จัดการ, และ วิเคราะห์กรดนิวคลีอิก.


ดีเอ็นเอเป็นโครงสร้างเกลียวคู่ที่มีข้อมูลทางพันธุกรรม การศึกษาโมเลกุลดีเอ็นเอจะให้รายละเอียดเกี่ยวกับชีวิตแก่เรา โมเลกุลดีเอ็นเอสามารถสกัดออกจากเซลล์ได้โดยใช้เทคนิคการสกัด จากนั้นจึงหาปริมาณโดยใช้อิเล็กโตรโฟรีซิสเจล agarose แยกชิ้นส่วนดีเอ็นเอใน Agarose ตามขนาดรูพรุน (นั่นคือความเข้มข้นของ agarose) แรงดันไฟฟ้าที่ใช้ ขนาดโมเลกุลของโมเลกุลดีเอ็นเอ และโครงสร้างของดีเอ็นเอ

โมเลกุลที่เล็กกว่าจะเคลื่อนตัวลงไปในเจลเร็วกว่าโมเลกุลที่ใหญ่กว่า และการแยกตัวเกิดขึ้นตามขนาดของดีเอ็นเอ หากใช้ไฟฟ้าแรงสูง การย้ายถิ่นจะเร็วขึ้น แต่การแยกชิ้นส่วน DNA จะไม่ชัดเจน (เวสเตอร์ไมเออร์ 2549). ดังนั้น จึงมักใช้ไฟ 110 โวลต์เป็นเวลา 30-45 นาทีเพื่อแยกชิ้นส่วนดีเอ็นเอในเจล อะกาโรสเจลอิเล็กโตรโฟรีซิสของโมเลกุลดีเอ็นเอแสดงให้เห็นแถบที่แตกต่างกันในเลน 4,5 และ 6 ซึ่งบ่งชี้ว่ามีเพียง DNA เดียวเท่านั้นที่มีอยู่ในตัวอย่าง

บทนำ: กรดนิวคลีอิก Doeoxy ribo (DNA) เป็นพอลิเมอร์ที่ประกอบด้วยเบส น้ำตาล และพันธะฟอสเฟต น้ำตาลจะถูกดีออกซีไรโบสเสมอในกรณีของ DNA และเบสจะเป็นโมเลกุลของ purine หรือ pyrimidine: Adenine, Guanine, Cytosine หรือ Thymine โมเลกุลฟอสเฟตเชื่อมต่อนิวคลีโอไซด์ทั้งสองเข้าด้วยกัน ดีเอ็นเอเป็นโครงสร้างที่มีพันธะโควาเลนต์ซึ่งมีรูปร่างเป็นเกลียว DNA เป็นโครงสร้างเกลียวคู่ที่ยึดเข้าด้วยกันโดยพันธะไฮโดรเจน DNA นำข้อมูลทางพันธุกรรม . เนื่องจากดีเอ็นเอมีลักษณะเป็นกรด จึงอพยพไปยังขั้วบวกเมื่อสัมผัสกับสนามไฟฟ้า

รูขุมขนที่หกของตะแกรง agarose ถูกกำหนดโดยความเข้มข้นของ agarose เจล Agarose ทำขึ้นด้วยความเข้มข้นตั้งแต่ 0.7-1.5% DNA ในสารละลายที่เป็นกลางจะมีประจุลบ (วิลเลียมสันและแคมป์เบลล์ 1997). ดังนั้นถ้าสนามไฟฟ้าถูกนำไปใช้กับ DNA มันจะเคลื่อนเข้าหาขั้วแอโนดจากขั้วแคโทด ตามขนาดของแฟรกเมนต์ อัตราการย้ายจะแปรผกผันกับขนาดแฟรกเมนต์ ชิ้นส่วนที่เล็กกว่าจะเคลื่อนที่ได้เร็วกว่าชิ้นส่วนที่ใหญ่กว่า และระยะทางที่เคลื่อนที่โดยชิ้นส่วนนั้นจะถูกวัดโดยใช้เครื่องหมายโมเลกุล

เครื่องหมายโมเลกุลคือขนาดชิ้นส่วนดีเอ็นเอมาตรฐานซึ่งทำหน้าที่เป็นมาตรฐานในการวัดน้ำหนักโมเลกุลของชิ้นส่วนดีเอ็นเอ ดังนั้นโดยการให้แรงดันคงที่ในเจล agarose เราจึงสามารถแยกชิ้นส่วน DNA ตามน้ำหนักโมเลกุลของพวกมันได้ (เวสเตอร์ไมเออร์ 2549). Agarose Gel Electrophoresis ของ DNA เป็นเทคนิคที่ง่ายมากและสามารถทำซ้ำได้ การเคลื่อนที่ของโมเลกุลดีเอ็นเอในสารละลายที่เป็นกลางนั้นไม่ขึ้นกับขนาดของชิ้นส่วน แต่แปรผันตามความแรงของไอออนิก

ชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่มีคู่เบสสูงถึง 40 กิโลกรัมสามารถแยกออกได้โดยใช้อะกาโรสเจลอิเล็กโตรโฟรีซิส (วิลเลียมสันและแคมป์เบลล์ 1997). ชิ้นส่วนดีเอ็นเอจะถูกแยกออกตามขนาดโมเลกุล กระแสที่ใช้ ความเข้มข้นของ Agarose และโครงสร้างของ DNA Agarose เป็นโคพอลิเมอร์ที่ประกอบด้วย ?-D-galactose ที่เชื่อม 1,3 และ 3,6- แอนไฮดรอก-?-L-galactose ที่เชื่อมโยง 1,4 ที่เชื่อมโยงกันโดยโซนทางแยกและเชื่อมเข้าด้วยกันด้วยพันธะไฮโดรเจน (สเตลวาเกน 2552). ใช้บันไดมาตรฐานเพื่อระบุขนาดของชิ้นส่วน ใน


8 ความคิดเห็น

บางทีอาจเป็นแฮ็คง่ายๆจากแอฟริกาใต้?

- ตัดแถบเจลออก
- ทำรูที่ด้านล่างของหลอด PCR ขนาด 0.5 มล. ด้วยเข็มขนาดเล็กที่ร้อน
- วางขนตู้ปลาอัดก้อนเล็กๆ ไว้ที่ด้านล่างของท่อ (สามารถใช้แหนบได้)
- วางแถบเจลในหลอด PCR (ฉันเคยสับมัน) ตัดฝาออก แต่ปล่อยขั้วต่อไว้
- ใส่ลงในหลอดขนาด 1.5 มล. ที่มีขนาดใหญ่กว่า และปั่นเหวี่ยงด้วยความเร็วสูงเป็นเวลาหนึ่งนาที คุณต้องจัดเรียงฝาปิดเนื่องจากไม่สามารถปิดด้วยท่อ PCR ได้
- เติมวอลลุ่มด้วย buffer
- P:C สะอาด ตกตะกอนด้วยเอทานอล
- ทุกอย่างเสร็จเรียบร้อย

โพสโดย Liam Thompson เมื่อวันที่ 18 สิงหาคม 2016

สวัสดีราฟ
ไม่แน่ใจเกี่ยวกับกลีเซอรอล เรายังไม่ได้ลองเลย ทฤษฎีของฉันคือสายโซ่ยาวของ PEG จะช่วยดักจับ DNA และคุณจะไม่ได้รับสิ่งนั้นด้วยโมเลกุลขนาดเล็กอย่างกลีเซอรอล

แต่อย่างที่ว่ากันว่า การฝึกภาคทฤษฎีก็เหมือนกับทฤษฎี แต่ในทางปฏิบัติ มันไม่เป็นเช่นนั้น ดังนั้นหากคุณได้ลองใช้งานแล้ว โปรดแจ้งให้เราทราบว่าจะเกิดอะไรขึ้น!

โพสโดย John Schloendorn เมื่อวันที่ 29 กรกฎาคม 2015

กลีเซอรอลจะโอเคแทน PEG8000 หรือไม่

โพสโดย Raf เมื่อ กรกฎาคม 22, 2015

บทความที่ดี ฉันจะพยายามมันเร็ว ๆ นี้

โพสโดย Li เมื่อ กรกฎาคม 22, 2015

ฌอน
ฉันใช้ TBE ในมือของฉัน ฉันไม่สามารถทำให้ DNA อยู่ในบ่อน้ำได้นานพอที่จะดึงมันออกมาได้ โดยใช้บัฟเฟอร์วิ่งเพียงอย่างเดียว (หรืออย่างน้อยฉันไม่เคยประสบความสำเร็จในเวลาที่ถูกต้อง ลองเพียงครั้งเดียวหรือสองครั้ง) ดังนั้นฉันจึงเพิ่ม PEG 20% เสมอ ฉันไม่เคยลองโคลนมันด้วย PEG ในนั้นเลย ฉันเคยใช้การตกตะกอนของเอทานอลเพื่อทำความสะอาดอยู่เสมอ
ไชโย
จอห์น

โพสโดย John Schloendorn เมื่อ กรกฎาคม 10, 2014

บล็อกที่ดี ในฐานะที่เป็นคนที่กำลังพยายามทำให้ DNA บริสุทธิ์จากเจลอากาโรสสำหรับการโคลนย่อย ฉันรู้ดีถึงอาการปวดหัวที่อาจเป็นผลมาจากการใช้ชุดเจลฟอก ฉันมีคำถามสั้น ๆ สำหรับวิธีการอิเล็กโตรลูชั่นของ Dialysis Tube หลังจากนำ DNA ออกจากเจลและใส่ไว้ในบัฟเฟอร์การทำงานของคุณ (เราใช้ TAE) พร้อมที่จะใช้ในแอปพลิเคชันดาวน์สตรีม (เช่น การโคลนย่อย) หรือไม่ หรือฉันจะต้องทำการตกตะกอนดีเอ็นเอบางรูปแบบ?

โพสโดย Sean เมื่อ 03 กรกฎาคม 2014

เฮ้ ขอบคุณนิโคล ใช่ ฉันจำได้ว่า “ฉันบ้าไปแล้ว” ความรู้สึกตอนเรียนจบอย่างแจ่มชัด ฉันคิดว่าต้องมีคนพูด -)

หวังว่าสิ่งนี้จะช่วยให้นักศึกษาจบปริญญาตรีที่รู้สึกบ้าๆ บอๆ มองเห็นแสงสว่างที่ปลายอุโมงค์ได้ จำนวนของสิ่งที่ผิดพลาดได้นั้นมีมาก แต่ก็มีจำกัด หลังจากเกิดขึ้นกับคุณมากพอ สิ่งต่างๆ จะน่าเชื่อถือขึ้นอย่างเห็นได้ชัด

โพสโดย John Schloendorn เมื่อ 13 มิถุนายน 2014

บล็อกนี้สำคัญกว่าฟอรัมอณูชีววิทยาทั้งหมดที่ฉันเคยเยี่ยมชม! ขอขอบคุณ! ฉันหวังว่าสิ่งนี้จะได้รับรอบเมื่อฉันเป็นนักศึกษาระดับปริญญาตรีปีแรก

ฉันซาบซึ้งจริงๆ ที่คุณเผชิญหน้ากับสิ่งเดิมๆ – ที่ไม่เคยพูดถึง- สิ่งแปลก ๆ ที่เกิดขึ้นระหว่างการโคลนนิ่งและด้วยการใช้ชุด DNA บางประเภท ฉันเคยรู้สึกบ้านิดหน่อย แต่ตอนนี้ฉันรู้แล้วว่าสิ่งเหล่านี้เป็นเรื่องปกติ แม้ว่าจะไม่ได้เปิดเผยในโปรโตคอลหรือคู่มือก็ตาม


"รายงาน Agarose Gel Electrophoresis ของ Dna Biology Lab" เรียงความและเอกสารการวิจัย

KOLEJ MATRIKULASI มะละกา 78300 MASJID TANAH, MELAKA Guidelines for ชีววิทยา การทดลอง 1.0 ผู้เข้าร่วม 1.1 การเข้าร่วมภาคปฏิบัติเป็นภาคบังคับ 1.2 หากคุณไม่สามารถมาเรียนได้เนื่องจากอาการป่วยหรือเหตุฉุกเฉิน โปรดแจ้งอาจารย์ EARLIER ก่อน เพื่อจะได้จัดเตรียมภาคปฏิบัติอื่นๆ ให้คุณได้ในสัปดาห์เดียวกัน 2.0 แล็บ เสื้อโค้ท 2.1 การสวมใส่ แล็บ เสื้อคลุมเป็นข้อบังคับ 2.2 ใส่ แล็บ เคลือบทั่วทั้งชั้นเรียน 3.0 Jotter 3.1 Jotter ควรมีบทสรุปเกี่ยวกับขั้นตอน

การวาดภาพทางเทคนิคระดับพรีเมียม , ไดอะแกรม , การพิมพ์ 690 คำ | 3 หน้า

ห้องปฏิบัติการโปรตีนเรืองแสงสีเขียว

โครมาโตกราฟี (HIC) ใช้เพื่อทำให้โปรตีนต่างประเทศบริสุทธิ์ โปรตีน เจล อิเล็กโตรโฟรีซิส ใช้ตรวจสอบและวิเคราะห์โปรตีนบริสุทธิ์ นักวิทยาศาสตร์ด้านการวิจัยใช้ Green Fluorescent Protein (GFP) เป็นต้นแบบหรือแท็กเพื่อเรียนรู้เกี่ยวกับ ชีววิทยา ของแต่ละเซลล์และสิ่งมีชีวิตหลากวัฒนธรรม นี้ แล็บ แนะนำวิธีการที่รวดเร็วในการทำให้ GFP รีคอมบิแนนท์บริสุทธิ์โดยใช้ HIC เมื่อโปรตีนถูกทำให้บริสุทธิ์แล้ว อาจวิเคราะห์โดยใช้พอลิแซ็กคาไรด์ เจล อิเล็กโตรโฟรีซิส (หน้าหนังสือ). วัตถุประสงค์: เพื่อแสดงให้เห็นกระบวนการของการเปลี่ยนแปลง

โปรตีนพรีเมี่ยม , โปรตีนเรืองแสงสีเขียว , อณูชีววิทยา 1693 Words | 7 หน้า

รายงานห้องปฏิบัติการ

จุลชีววิทยา-2460 แล็บ-003 31 มีนาคม 2551 แล็บ รายงาน-Escherichia coli บทคัดย่อ จุดประสงค์สำหรับสิ่งนี้ แล็บ รายงาน เพื่อระบุและแจ้งแบคทีเรียที่ไม่รู้จักซึ่งทำให้ผู้ป่วยมีอาการปวดท้องน้อยและกระดูกเชิงกราน เพื่อให้ได้การระบุแบคทีเรียที่ไม่รู้จักนี้ จำเป็นต้องมีการทดสอบทางชีวเคมีหลายครั้งเพื่อสั่งยาที่ถูกต้องเพื่อรักษาและรักษาอาการ บทนำใน แล็บ วันนี้ฉันจะระบุแบคทีเรียที่ไม่รู้จักนั่นคือ

แบคทีเรียพรีเมี่ยม , โปรตีโอแบคทีเรีย , Escherichia coli 1053 Words | 5 หน้า

ตัวอย่างเรียงความรายงานห้องปฏิบัติการโปรตีนชีววิทยา

บทคัดย่อ วัตถุประสงค์ของเรื่องนี้ แล็บ คือการวัดปริมาณโปรตีนจากตับเนื้อชิ้นหนึ่ง ทำได้โดยการนำตับมาปั่น และจากนั้นใช้เครื่องหมุนเหวี่ยงเพื่อแยกส่วนเหนือตะกอนออกจากเม็ด เมื่อเสร็จแล้ว แอมโมเนียมซัลเฟตจะถูกเติมลงในส่วนลอยเหนือตะกอน แช่เย็นแล้วปั่นเป็นครั้งที่สอง ถัดไป น้ำ 20 มล. ถูกเติมลงในเม็ด กวนและบันทึกปริมาตร อาจารย์คำนวณมวลรวมของตับเป็น 10.098 กรัม สุดท้ายเป็นสเปกโตรนิก

พรีเมี่ยม 1109 คำ | 5 หน้า

รายงานห้องปฏิบัติการ

LAB รายงาน บทนำ: ในการเปลี่ยนแปลงทางเคมี เอกลักษณ์ของสารจะเปลี่ยนไปและสารใหม่ก่อตัวขึ้น ในสมการ สารทางด้านซ้ายคือสารตั้งต้น สารทางด้านขวาคือผลิตภัณฑ์ ในการทดลองนี้ มีวัตถุประสงค์เพื่อสังเกตหลักฐานที่แสดงว่ามีการเปลี่ยนแปลงทางเคมีเกิดขึ้น อนุมานจากการสังเกตว่ามีการสร้างสารใหม่ ระบุและบันทึกข้อสังเกตที่แสดงพลังงานที่เกี่ยวข้องกับการเปลี่ยนแปลงทางเคมี สังเกตสี ความสามารถในการละลายของสารบางชนิด

ทองแดงพรีเมี่ยม คลอรีน กรดไฮโดรคลอริก 702 คำ | 3 หน้า

รายงานห้องปฏิบัติการจีเอ็มโอ

สิ่งมีชีวิตดัดแปลงพันธุกรรม บทนำ: จุดประสงค์ของสิ่งนี้ แล็บ คือการระบุว่าผลิตภัณฑ์อาหารที่ไม่มีฉลากเป็นอาหารดัดแปลงพันธุกรรมจริงหรือไม่ ก่อนที่เราจะเริ่มต้นการทดสอบทฤษฎีนี้ เราต้องทำความเข้าใจเกี่ยวกับสิ่งมีชีวิตดัดแปลงพันธุกรรมโดยทั่วไปเสียก่อน มันค่อนข้างง่ายเพราะถ้าคุณเคยไปที่ร้านขายของชำเมื่อเร็ว ๆ นี้คุณจะได้เห็นผลิตภัณฑ์ที่มีป้ายกำกับว่า "GMO-free" หรือแม้แต่ "มีส่วนประกอบที่ไม่ใช่ GMO เท่านั้น" GMO ย่อมาจาก

พรีเมี่ยมพันธุวิศวกรรม , ดีเอ็นเอ , ปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรส 2784 Words | 12 หน้า

รายงานห้องปฏิบัติการ

แล็บ รายงาน: ปริมาณสัมพันธ์ แล็บ 27 ต.ค. 2554 แคลร์ เอลิซาเบธ แล็บ พาร์ทเนอร์: Hannah Signature:___________________ บทนำ- เบกกิ้งโซดาและน้ำส้มสายชูเป็นวัสดุทั่วไปสองชนิดที่พบในเกือบทุกครัวเรือน บวกกับข้อเท็จจริงที่ว่าวัสดุเริ่มต้นและตกแต่งทั้งหมดไม่เป็นอันตรายและปลอดภัย เป็นเหตุให้นี่เป็นหนึ่งในปฏิกิริยาเคมีแรกๆ ที่หลายคนต้องเผชิญ จุดประสงค์ของการทดลองนี้ทดสอบว่าสารตั้งต้นตัวใดของสารตั้งต้นทั้งสอง (น้ำส้มสายชูและเบกกิ้งโซดา ) มีจำนวนจำกัด

พรีเมี่ยม ฟอร์ซ น้ำส้มสายชู โซเดียม อะซิเตท 579 คำ | 3 หน้า

ชีววิทยา

บทที่ 8: การสืบพันธุ์ของเซลล์ – เซลล์จากเซลล์ 1. บทบาทที่สำคัญสามประการของการแบ่งเซลล์คืออะไร? 2. เปรียบเทียบและเปรียบเทียบการสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศและการสืบพันธุ์แบบไม่อาศัยเพศ 3. แยกแยะระหว่างข้อกำหนด: ดีเอ็นเอ, ยีน, โครโมโซม, โครโมโซมจำลอง, ซิสเตอร์โครมาทิด และเซนโทรเมียร์ 4. วัฏจักรเซลล์สองเฟสคืออะไร? สามขั้นตอนของเฟสคืออะไร? 5. ไมโทซิสคือการแบ่งส่วนของ ______ ในขณะที่ไซโตไคเนซิสคือการแบ่งส่วนของ ______ 6. อธิบายลักษณะที่ปรากฏ

พันธุศาสตร์พรีเมียม , อาร์เอ็นเอ , ยีน 1569 คำ | 7 หน้า

รายงานห้องปฏิบัติการ

บทนำ: ในแบบฝึกหัดในห้องปฏิบัติการนี้ สำรวจความแตกต่างของจุลินทรีย์และใช้สื่อเฉพาะทางของเราต่อไปและใช้การทดสอบทางชีวเคมีบางอย่าง รายงาน เปิดเผยเครื่องมือห้องปฏิบัติการพื้นฐานที่จะใช้ในแนวทางปฏิบัติแต่ละอย่างของเรา สิ่งสำคัญคือต้องรู้จักและระบุเครื่องมือและเครื่องมือในห้องปฏิบัติการที่แตกต่างกัน เพราะด้วยวิธีนี้ เราจะสามารถใช้อุปกรณ์เหล่านี้ได้อย่างถูกต้องและยังสามารถเรียกตามชื่อและ รู้ว่าทำไม ฟัง อ่านออกเสียงพจนานุกรม - ดู

พรีเมี่ยมน้ำ , Staphylococcus , แบคทีเรีย 527 คำ | 3 หน้า

ห้องปฏิบัติการสกัดดีเอ็นเอ

Objective: จุดประสงค์ของสิ่งนี้ แล็บ คือเพื่อให้ท่านได้คุ้นเคยกับขั้นตอนการสกัด ดีเอ็นเอ, สะสม ดีเอ็นเอ ตัวอย่างและสังเกตลักษณะทางกายภาพของ ดีเอ็นเอ ข้อมูลประกอบ: สตรอว์เบอร์รีป่ามีลักษณะซ้ำ เพราะมีโครโมโซมเพียงสองชุด ในขณะที่ร้านขายของชำเป็นประเภท octoploidy เพราะมีโครโมโซมแปดชุด เหตุผลที่เราเลือกร้านขายสตรอว์เบอร์รี่ก็เพราะว่าเราสามารถสกัดได้มากกว่า ดีเอ็นเอ. สตรอเบอร์รี่สุกจะสร้างเอ็นไซม์ที่ช่วยแตกตัว


10. ขจัด DNA ของคุณด้วย Hot Elution Buffer

การให้ความร้อนบัฟเฟอร์การชะที่อุณหภูมิ 70°C ก่อนนำตัวอย่างของคุณไปใช้กับคอลัมน์จะปล่อย DNA ออกจากเมมเบรนมากขึ้น ส่งผลให้ได้ผลผลิตสูงขึ้น การปล่อยให้บัฟเฟอร์นั่งบนคอลัมน์เป็นเวลา 5 นาทีก่อนการหมุนเหวี่ยงจะช่วยเพิ่มผลผลิตได้เช่นกัน

การสกัด DNA จากเจลเป็นขั้นตอนสำคัญในโครงการโคลนและการจัดลำดับส่วนใหญ่ ไม่จำเป็นต้องเป็นคอขวดในการแสดงโปรตีนหรือจีโนไทป์ของ DNA ของคุณ ด้วยเคล็ดลับง่ายๆ เหล่านี้ การสกัดเจลจะเป็นการเดินในสวนสาธารณะ และส่งคุณไปสู่ความสำเร็จของ ligation ในเวลาไม่นาน!

เผยแพร่ครั้งแรกเมื่อวันที่ 12 พฤศจิกายน 2550 ปรับปรุงและแก้ไขในเดือนพฤษภาคม 2560


การกู้คืน DNA จาก Agarose Gels

DNA electrophoresed ผ่านเจล agarose มักใช้เป็นแม่แบบหลักหรือแบบขยายซ้ำสำหรับปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรส (PCR) เช่นเดียวกับการผสมข้ามพันธุ์ การหาลำดับ การเชื่อมโยง และเทคนิคทางโมเลกุลอื่นๆ อีกมากมาย ในการกู้คืน DNA แถบความสนใจจะถูกตัดออกด้วยมีดผ่าตัดที่ปลอดเชื้อและ DNA ที่สกัดด้วยวิธีการต่างๆ แนวทางปฏิบัติทั่วไป ได้แก่ การสกัดสารอินทรีย์ด้วยฟีนอลและคลอโรฟอร์ม การใช้อุปกรณ์อิเล็กโตรอิลูชั่น วิธีการ 'ตรึงและบีบ' วิธี 'บดและแช่' และเทคนิคการปั่นที่แตกต่างกันสองสามแบบ เทคนิคการแช่แข็งและบีบเกี่ยวข้องกับการแช่แข็งชิ้นเจลในไนโตรเจนเหลวภายในปลายไมโครไพเพต [1] หรือหลอดหมุนเหวี่ยง [2] และปั่นของเหลวออกด้วยการหมุนเหวี่ยง ในขณะที่วิธีการบดและแช่นั้นเกี่ยวข้องกับการเพิ่มบัฟเฟอร์ไปยังชิ้นอะกาโรสก่อนบีบ ด้วยก้านแก้ว สารละลายจะถูกวางที่อุณหภูมิ 37 องศาเซลเซียสเป็นเวลาหลายชั่วโมงก่อนที่ตัวอย่างจะถูกหมุนเหวี่ยงด้วยใยแก้วที่ทำจากซิลิโคนหรือเส้นใยโพลีอัลโลเมอร์ที่ไม่เป็นพิษ


วิธีการภายในองค์กรที่รวดเร็วและมีประสิทธิภาพในการทำให้ DNA บริสุทธิ์จากเจลอากาโรส เหมาะสำหรับการหาลำดับ

การหาลำดับของชิ้นส่วนดีเอ็นเอ (เช่น ITS, 16S, 18S, ยีนเฉพาะ และเครื่องหมายโมเลกุล) มีความจำเป็นมากขึ้นในการศึกษาเกี่ยวกับความหลากหลายของจุลินทรีย์ ประชากรพันธุกรรมของจุลินทรีย์และสายวิวัฒนาการ การเรียงลำดับอัลลีล และการค้นหา SNP และอื่นๆ ค่าใช้จ่ายในการรับ DNA เหล่านี้ในปริมาณและคุณภาพสำหรับการจัดลำดับนั้นสูง เนื่องจากต้องใช้ชุดเครื่องมือพิเศษในการกู้คืน DNA จากเจลหลังจาก PCR หรือการโคลนและทำให้พลาสมิดบริสุทธิ์ด้วยชุดเครื่องมือเชิงพาณิชย์ ประชากรทางพันธุกรรมและการศึกษาอื่นๆ จำเป็นต้องมีการวิเคราะห์จากตัวอย่างจำนวนมาก ดังนั้น ค่าใช้จ่ายที่สูงจึงเป็นอุปสรรคต่อการดำเนินโครงการดังกล่าวในประเทศที่มีความหลากหลายทางชีวภาพมาก เช่น ประเทศกำลังพัฒนาในเขตร้อนและกึ่งเขตร้อนซึ่งมีเงินทุนจำกัด การปรับเปลี่ยนวิธีการที่ทราบอยู่แล้วสำหรับการกู้คืน DNA จากเจล โปรโตคอลการกู้คืน DNA แบบภายในองค์กรแรกที่เหมาะสมสำหรับการใช้โดยตรงในการจัดลำดับถูกนำเสนอในที่นี้ โปรโตคอลนี้ใช้ได้กับ DNA จากสิ่งมีชีวิตต่างๆ เช่น แบคทีเรีย เชื้อรา และพืชอย่างกว้างขวาง ความเรียบง่าย ความเร็ว และต้นทุนต่ำทำให้ขั้นตอนนี้คล้อยตามสำหรับการจัดลำดับ DNA ที่มีปริมาณงานสูงตามความจำเป็นในการศึกษาประชากรจุลินทรีย์ การพัฒนาเครื่องหมายระดับโมเลกุล การระบุระดับโมเลกุลของสายพันธุ์ในกลุ่มจุลินทรีย์ และอื่นๆ การกู้คืนชิ้นส่วนดีเอ็นเอจากเจลอากาโรสเป็นหนึ่งในงานที่พบบ่อยที่สุดในห้องปฏิบัติการอณูชีววิทยา ดังนั้นศักยภาพในการบังคับใช้โปรโตคอลที่นำเสนอในที่นี้จึงมีมากมาย

คำสำคัญ: DNA สำหรับจัดลำดับการทำให้บริสุทธิ์ของ DNA จากเจล Home-spin columns วิธีต้นทุนต่ำ

แถลงการณ์ความขัดแย้งทางผลประโยชน์

ผู้เขียนประกาศไม่มีผลประโยชน์ที่แข่งขันกัน

ตัวเลข

การเปรียบเทียบการกู้คืน DNA จาก...

การเปรียบเทียบการกู้คืน DNA จากเจลระหว่างวิธีการต่างๆ NS DNA เริ่มต้น ก่อน...

การทดสอบการขยาย PCR สำหรับการทำให้บริสุทธิ์...

การทดสอบการขยาย PCR สำหรับ DNA ที่บริสุทธิ์ ทำการทดสอบโดย Nested PCR บน...

การเปรียบเทียบคุณภาพของลำดับดีเอ็นเอ…

การเปรียบเทียบคุณภาพของลำดับดีเอ็นเอทำให้บริสุทธิ์ด้วยวิธีการต่างๆ ผลคะแนนคุณภาพ Phred…

การแสดงกราฟิกของการจัดตำแหน่งหลายตำแหน่งโดย...

การแสดงกราฟิกของการจัดตำแหน่งหลายตำแหน่งโดยซอฟต์แวร์ Geneious เวอร์ชัน 8.1.5 ของลำดับ DNA ที่ได้รับ...


การย่อย Agarose:

ขั้นตอนนี้จะย่อยได้มากถึง 200 µl ของ agarose ที่มีจุดหลอมเหลวต่ำ 1% สำหรับปริมาณที่มากขึ้น ให้ปรับเอนไซม์ตามนั้น

  1. ปรับสมดุลอะกาโรสที่มีจุดหลอมเหลวต่ำที่มีดีเอ็นเอ (SeaPlaque GTG หรือ NuSieve GTG) โดยล้างชิ้นเจลที่เป็นของแข็งสองครั้งด้วยบัฟเฟอร์ 1X b-Agarase I 2 ปริมาตรบนน้ำแข็ง ครั้งละ 30 นาที*
  2. นำบัฟเฟอร์ที่เหลือออกและละลาย agarose โดยการฟักที่อุณหภูมิ 65°C เป็นเวลา 10 นาที
  3. ให้เย็นที่อุณหภูมิ 42°C และฟัก agarose ที่หลอมเหลวด้วย &beta-Agarase I 1 หน่วย ที่อุณหภูมิ 42°C เป็นเวลา 1 ชั่วโมง ไปที่การฟอกดีเอ็นเอ

การทำให้บริสุทธิ์ของดีเอ็นเอ:

  1. ปรับความเข้มข้นของเกลือของสารละลายที่บำบัดด้วย &beta-Agarase I สำหรับการตกตะกอนไอโซโพรพานอลของ DNA (0.5 M NaCl, 0.3 M NaOAc, 2.5 M NH4OAc หรือ 0.8 M LiCl)
  2. แช่น้ำแข็งเป็นเวลา 15 นาที
  3. ปั่นแยกที่ 15,000 X g เป็นเวลา 15 นาทีเพื่ออัดคาร์โบไฮเดรตที่ไม่ได้แยกแยะที่เหลืออยู่
  4. ลบ supernatant ที่มี DNA ออก ตกตะกอนด้วยไอโซโพรพานอล 2 ปริมาตร เพื่อให้แน่ใจว่าได้ผลผลิตเชิงปริมาณของ DNA ปริมาณเล็กน้อย (< 100 ng) จึงสามารถเติม RNA ตัวพา (1 & microg) ลงในสารละลายได้
  5. ผสมให้ละเอียด แช่เย็น และปั่นแยกที่ 15,000 X g เป็นเวลา 15 นาที
  6. นำ supernatant ออก ล้างเม็ดด้วยไอโซโพรพานอล 70% เย็น และทำให้เม็ดแห้งที่อุณหภูมิห้อง
  7. เม็ดสามารถแขวนลอยใหม่ใน TE หรือบัฟเฟอร์ใดๆ ที่จำเป็นสำหรับการจัดการในภายหลัง

สำหรับวิธีแก้ปัญหาที่เร็วขึ้น สามารถใช้ Monarch DNA Gel Extraction Kit (NEB #T1020) เพื่อสกัด DNA จากเจลอากาโรส


ตรวจสอบข้อมูลประสิทธิภาพเพิ่มเติมและขอตัวอย่างฟรี

วีดีโอ

Monarch ® DNA Gel Extraction Kit protocol

เรียนรู้วิธีสกัด DNA จากเจล agarose โดยใช้ Monarch DNA Gel Extraction Kit

คำแนะนำในการใช้ Monarch ® DNA Gel Extraction Kit

เพิ่มประสิทธิภาพการสกัด DNA เจลของคุณด้วยเคล็ดลับด่วนของเราสำหรับการใช้ Monarch DNA Gel Extraction Kit

วิธีรีไซเคิลส่วนประกอบ Monarch ® Kit ของคุณ

เรียนรู้วิธีรีไซเคิลส่วนประกอบทั้งหมดใน Monarch Kits ของคุณอย่างง่ายดาย


ดูวิดีโอ: DNA Extraction from Agarose Gel (อาจ 2022).