ข้อมูล

ระบุตำแหน่งของโครโมโซมจากยีนนิวคลีโอไทด์หรือหมายเลขกรดอะมิโน

ระบุตำแหน่งของโครโมโซมจากยีนนิวคลีโอไทด์หรือหมายเลขกรดอะมิโน



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

ฉันแน่ใจว่านี่เป็นคำถามพื้นฐาน แต่ฉันไม่พบคำตอบจากที่ไหนเลย สมมติว่าฉันได้รับตำแหน่งของกรดอะมิโนหรือนิวคลีโอไทด์ (เช่น ซึ่งระบุตำแหน่งเป็นยีน ACADM, 985A>G (พหุสัณฐานของนิวคลีโอไทด์) และ 304 เป็นการกลายพันธุ์ของกรดอะมิโน (จาก Lys>Glu) ). ฉันจะระบุตำแหน่งที่แน่นอนของสิ่งนี้บนโครโมโซมได้อย่างไร เช่น โครโมโซม 1 ตำแหน่ง 76123456?

ในปัจจุบัน วิธีเดียวที่ฉันคิดได้คือการนับกรดอะมิโน 304 ตัว หรือนิวคลีโอเบส 985 ตัวด้วยตนเอง ตั้งแต่เริ่มต้นของยีนที่มีการระบุตำแหน่งเริ่มต้น อย่างไรก็ตาม สิ่งนี้ใช้ไม่ได้จริง ฉันดาวน์โหลดซอฟต์แวร์บางตัว (IGV & GenomeViewer) และไม่เห็นวิธีที่ฉันสามารถดูหมายเลขกรดอะมิโนหรือนิวคลีโอเบสที่แท้จริงได้ตั้งแต่เริ่มต้นของยีน


ตัวเลือกที่ 1: คุณสามารถใช้ฐานข้อมูล SNP เพื่อดูว่ามี (และมักจะเป็น) ลักษณะก่อนหน้านี้หรือไม่: บทช่วยสอนอยู่ที่นี่ (http://www.sciencebuddies.org/science-fair-projects/project_ideas/BioMed_Bioinformatics_NCBIGene_SNP.shtml)

ตัวเลือกที่ 2: คือการใช้ฟังก์ชัน go to character ในโปรแกรมแก้ไขข้อความบางตัว หากคุณใช้ windows คุณสามารถทำได้ใน Notepad++ (https://superuser.com/questions/487507/how-can-i-find-nth-character-in-notepad); ถ้าใน Linux/mac คุณอาจรู้วิธีการทำเป็นกลุ่ม ( https://stackoverflow.com/questions/22862558/go-to-a-specific-offset-in-a-document ) หากใช้เท็กซ์เอดิเตอร์อื่นๆ ใน Linux ให้ถามชุมชนนั้น แล้วพวกเขาจะบอกคุณว่าต้องทำอย่างไร

ตัวเลือกที่ 3: อีกวิธีหนึ่งที่ต้องใช้แรงงานมากแต่ทำได้ง่ายคือการใช้เครื่องมือที่มีออนไลน์ โดยส่วนตัวฉันใช้ NCBI สำหรับสิ่งนี้ และลองเล่นกับภูมิภาคที่แสดง สิ่งนี้จะป้องกันไม่ให้คุณนับ เมื่อคุณได้พื้นที่ในพื้นที่แล้ว ให้เลือกนิวคลีโอไทด์สองสามตัวทางซ้ายและขวา และใช้เป็นคำค้นหาในลำดับของคุณ (ค้นหาข้อความและแทนที่ข้อความ)

ตัวเลือกที่ 4: และของโปรดส่วนตัวของฉัน ให้คอมพิวเตอร์ทำสิ่งนี้ให้คุณ: https://stackoverflow.com/questions/23662748/replace-a-nucleotide-at-a-certain-position-in-a-dna-sequence- ไฟล์

หากคุณกำลังใช้ IGV มีการกล่าวไว้ในเอกสารประกอบที่นี่ (https://www.broadinstitute.org/igv/Navigate) เกี่ยวกับวิธีค้นหาภูมิภาคและแม้แต่แทรกการกลายพันธุ์ คุณไม่สามารถทำงานนี้ได้หรือไม่


3.E: การแยกและวิเคราะห์ยีน (แบบฝึกหัด)

  • สนับสนุนโดย Ross Hardison
  • T. Ming Chu ศาสตราจารย์ (ชีวเคมีและอณูชีววิทยา) ที่มหาวิทยาลัยแห่งรัฐเพนซิลวาเนีย

3.2 การเปลี่ยนส่วนปลายของชิ้นส่วน DNA สำหรับ ligation เป็นเวกเตอร์.

ก) วาดโครงสร้างส่วนปลายของชิ้นส่วนดีเอ็นเอเชิงเส้นที่สร้างขึ้นโดยการย่อยด้วยเอ็นโดนิวคลีเอสจำกัด อีโคอาร์ไอ. รวมลำดับที่เหลือจาก อีโคลำดับการรับรู้ RI

b) วาดโครงสร้างที่เกิดจากปฏิกิริยาของลำดับสุดท้ายนี้ด้วย DNA polymerase I และ deoxynucleoside triphosphates สี่ตัว

c) วาดลำดับที่ผลิตที่ทางแยกหากปลายทั้งสองข้างมีโครงสร้างที่ได้รับใน (b) ถูกผูกไว้

d) ออกแบบชิ้นส่วน DNA สังเคราะห์สั้นสองชิ้นที่แตกต่างกัน ซึ่งจะอนุญาตให้มีการผูกโครงสร้าง (a) ด้วยชิ้นส่วน DNA ที่ผลิตโดย a Pstฉันจำกัดการย่อย ในชิ้นส่วนสังเคราะห์ชิ้นใดชิ้นหนึ่งเหล่านี้ ให้ออกแบบลำดับเพื่อให้ทางแยกสุดท้ายมีลำดับการรู้จำสำหรับทั้งสอง อีโคRI และ PstI. ออกแบบลำดับของชิ้นส่วนอื่นเพื่อไม่ให้ อีโคRI หรือ Pstลำดับ I ปรากฏในทางแยก

3.3. คุณสมบัติใดบ้างที่จำเป็นสำหรับเวกเตอร์ที่ใช้ในการโคลนโมเลกุลของ DNA

3.4. นักเรียนผูก a แบมชิ้นส่วน HI ที่มียีนที่น่าสนใจของเวกเตอร์ pUC ที่ย่อยด้วย BamHI ถูกแปลงแล้ว อี. โคไลด้วยส่วนผสมของผลิตภัณฑ์ ligation และชุบเซลล์บนจานที่มียาปฏิชีวนะแอมพิซิลลินและสารตั้งต้นของโครโมนิก X‑gal นักเรียนควรเลือกอาณานิคมใดเพื่อค้นหากลุ่มที่มีพลาสมิดรีคอมบิแนนท์ (ที่มียีนที่สนใจใน pUC)

3.5. เริ่มต้นด้วย mRNA ที่แยกออกมา บุคคลหนึ่งต้องการสร้างสำเนา mRNA แบบเกลียวคู่และแทรกไว้ที่ Pstฉันไซต์ของ pBR322 ผ่านทาง GC homopolymer tailing หนึ่งแล้วแปลง อี. โคไลด้วยพลาสมิดรีคอมบิแนนท์นี้ โดยเลือกความต้านทานเตตราไซคลิน ขั้นตอนของเอนไซม์สี่ขั้นตอนที่ใช้ในการเตรียมเม็ดมีด cDNA คืออะไร? ตั้งชื่อเอนไซม์และอธิบายตัวกลาง

3.6 นักวิจัยจำเป็นต้องแยกโคลน cDNA ของ giraffe actin mRNA และเธอรู้ขนาด (Mr = 42,000) และลำดับกรดอะมิโนบางส่วนของโปรตีน giraffe actin และมีแอนติบอดีจำเพาะต่อยีราฟ actin หลังจากสร้างธนาคารของพลาสมิด cDNA จาก mRNA ทั้งหมดของไฟโบรบลาสต์ของยีราฟ (dG-dC ที่มีหางเป็น Pstฉันไซต์ของ pBR322) วิธีการตรวจคัดกรองธนาคารสามารถใช้เพื่อระบุโคลนแอคติน cDNA ได้อย่างไร

3.7 แผนที่ข้อจำกัดของ pBR322 คือ

ระยะทางในคู่ฐานระหว่างไซต์ข้อจำกัดมีดังนี้:

cDNA พลาสมิดลูกผสม pAlc-1 มี cDNA แบบสองสายที่สอดเข้าที่ PstI ไซต์ของ pBR322 โดยใช้เทคนิคที่คงตำแหน่งความแตกแยกนี้ไว้ที่ปลายทั้งสองของเม็ดมีด การย่อยของ pBR322 และ pAlc-1 ที่มีเอ็นโดนิวคลีเอสแบบจำกัดทำให้เกิดรูปแบบต่อไปนี้หลังเจลอิเล็กโตรโฟรีซิส (ซ้าย) ขนาดของชิ้นส่วนจะแสดงเป็นคู่ฐาน ชิ้นส่วนดีเอ็นเอถูกถ่ายโอนออกจากเจลไปยังไนโตรเซลลูโลสและถูกผสมด้วย cDNA ที่ติดฉลากกัมมันตภาพรังสีจากชนิดพันธุ์ป่า A. latrobus( Southern blot-hybridizaton). การแบ่งส่วนการผสมพันธุ์จะแสดงในไดอะแกรม autoradiogam ทางด้านขวา

ก) ขนาดของตัวแทรก cDNA คืออะไร?

ข) เอ็นโดนิวคลีเอสที่มีข้อจำกัดสองข้อใดที่เชื่อมอยู่ภายในส่วนแทรก cDNA

c) สำหรับเอ็นโดนิวคลีเอสที่มีข้อจำกัดทั้งสองนั้น ชิ้นส่วนดีเอ็นเอแต่ละส่วนในไดเจสต์เดี่ยวจะถูกตัดโดย Pstฉันเป็นชิ้นส่วนดีเอ็นเอสองชิ้นในดับเบิ้ลไดเจสต์ (เช่น ลิมิตเอนโดนิวคลีเอสพลัส Pstผม). กำหนดว่าชิ้นส่วนใดที่แยกย่อยแต่ละส่วนย่อย และใช้ข้อมูลนี้เพื่อสร้างแผนที่

d) วาดแผนที่ข้อจำกัดสำหรับ pAlc-1 แสดงไซต์สำหรับ Pstผม, อีโคโรดไอแลนด์ แบมสวัสดีและ ฮินดูสาม. ระบุระยะห่างระหว่างไซต์และแสดงการแทรก cDNA อย่างชัดเจน

3.8. คุณแยกและโคลน Kpnฉันแยกส่วนจาก A. latrobusจีโนม DNA ที่เข้ารหัส mRNA ที่โคลนใน pAlc-1 (ตามที่วิเคราะห์ในคำถามที่ 3.7) แผนที่ข้อจำกัดของ จีโนม แฟรกเมนต์คือ

แต่ละส่วนที่ผสมพันธุ์กับ pAlc-1 จะแสดงด้วยเครื่องหมายดอกจัน แผนที่นี้โดยเฉพาะเมื่อเทียบกับในปัญหา 3.7 บอกอะไรเกี่ยวกับโครงสร้างของยีน? เป็นเชิงปริมาณมากที่สุด

3.9. เอ็นไซม์บางชนิดประกอบด้วยสายโซ่พอลิเปปไทด์ของกรดอะมิโน 192 ชนิด ยีนที่เข้ารหัสมี 1,440 คู่นิวคลีโอไทด์ อธิบายความสัมพันธ์ระหว่างจำนวนกรดอะมิโนในโพลีเปปไทด์นี้กับจำนวนคู่ของนิวคลีโอไทด์ในยีน

3.10. เมื่อดูในกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน ลูกผสมระหว่างยีนแอกตินของยีราฟโคลน (จีโนมดีเอ็นเอ) และแอคติน mRNA ที่โตเต็มที่จะมีลักษณะดังนี้:

คุณสามารถสรุปเกี่ยวกับโครงสร้างยีนแอคตินในยีราฟได้อย่างไร

3.11. ดีเอ็นเอที่ประกอบกับ mRNA ของพริกไทยถูกสังเคราะห์โดยใช้โอลิโก (dT) เป็นไพรเมอร์สำหรับการสังเคราะห์สายแรก จากนั้นจึงสังเคราะห์สายเกลียวที่สอง (ตรงกันกับ mRNA) และประชากรของ cDNA ที่เป็นเกลียวคู่ถูกผูกเข้ากับพลาสมิดเวกเตอร์โดยใช้ขั้นตอนที่ทำให้ไซต์ PstI ขนาบข้างส่วนแทรก cDNA (กล่าวคือ ไซต์ PstI ของเทอร์มินัลสำหรับแต่ละโคลนไม่ได้เป็นส่วนหนึ่งของ cDNA) ห้องสมุด cDNA นี้ได้รับการคัดเลือกสำหรับโคลนที่ทำจาก mRNA จากพริกไทย สีเหลือง ยีน. โคลนหนึ่งตัวถูกแยกออก และการวิเคราะห์ต่อมาของรูปแบบของรูปแบบการแตกแยกเอนโดนิวคลีเอสการจำกัดแสดงให้เห็นว่ามีโครงสร้างต่อไปนี้:

แผนที่แสดงตำแหน่งของจุดแตกแยกเอนโดนิวคลีเอสและระยะห่างระหว่างจุดเหล่านี้ในหน่วยกิโลเบส (kb) แผนที่ของส่วนแทรก cDNA ถูกแสดงด้วยเส้นทึบ และ DNA พลาสมิดเวกเตอร์ที่ขนาบข้าง cDNA จะแสดงเป็นเส้นประ เกลียวบนเป็นเกลียว 5' ถึง 3' จากซ้ายไปขวา และเกลียวล่างจัดแนว 5' ถึง 3' จากขวาไปซ้าย ตำแหน่งและทิศทางของโอลิโกนิวคลีโอไทด์สองชนิดถึงการสังเคราะห์เฉพาะสำหรับการกำหนดลำดับถูกแสดงไว้ และถูกวางไว้ใกล้กับสายที่จะถูกสังเคราะห์ในปฏิกิริยาการหาลำดับ

ก) โอลิโกนิวคลีโอไทด์ที่หลอมเข้ากับลำดับพลาสมิดเวคเตอร์ที่ขนาบข้างส่วนแทรก cDNA แบบดูเพล็กซ์ถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์ DNA เฉพาะสำหรับการจัดลำดับโดยขั้นตอนไดดีออกซีนิวคลีโอไทด์ของแซงเจอร์ ไพรเมอร์ที่หลอมเข้ากับลำดับเวกเตอร์ทางด้านซ้ายของแผนที่ที่แสดงด้านบน ทำให้เกิดรูปแบบเจลสำหรับการจัดลำดับที่แสดงด้านล่างทางด้านซ้าย ไพรเมอร์ที่หลอมเข้ากับลำดับเวกเตอร์ทางด้านขวาของแผนที่ที่แสดงด้านบน ทำให้เกิดรูปแบบเจลสำหรับการจัดลำดับที่แสดงด้านล่างทางด้านขวา เจลถูกเรียกใช้จากอิเล็กโทรดลบที่ด้านบนไปยังอิเล็กโทรดบวกที่ด้านล่าง และส่วนที่นำเสนอนั้นผ่านไซต์ PstI (เช่น ไม่ต้องมองหาไซต์การจดจำ PstI)

ก) ลำดับ DNA ของปลายด้านซ้ายและขวาของส่วนแทรกในโคลน cDNA คืออะไร? อย่าลืมระบุการวางแนว 5' ถึง 3' และเกลียว (บนหรือล่าง) ที่มีการรายงานลำดับ เงื่อนไขซ้าย ขวา บนและล่างทั้งหมดอ้างถึงแผนที่ที่แสดงด้านบนสำหรับโคลน cDNA

b) จุดสิ้นสุดของโคลน cDNA ใด (ซ้ายหรือขวาในแผนที่ด้านบน) ที่มีแนวโน้มมากที่สุดที่จะรวมลำดับที่ตรงกันกับจุดสิ้นสุด 3' ของ mRNA

ค) คุณเห็นไซต์ความแตกแยกของเอ็นโดนิวคลีเอสที่มีข้อจำกัดอะไรบ้างในข้อมูลการจัดลำดับที่ให้มา

3.12. จีโนม DNA จากต้นพริกไทยถูกผูกเข้ากับไซต์ EcoRI ในเวกเตอร์ฟาจเพื่อสร้างคลัง DNA ของจีโนม ห้องสมุดนี้ถูกคัดกรองโดยการผสมข้ามพันธุ์กับ สีเหลืองโคลน cDNA รูปแบบของไซต์ความแตกแยกของ EcoRI สำหรับหนึ่งโคลนที่ผสมเข้ากับ สีเหลืองโคลน cDNA ถูกวิเคราะห์ในสองการทดลอง

ในการทดลองครั้งแรก โคลนดีเอ็นเอของจีโนมถูกย่อยจนเสร็จสมบูรณ์ด้วย EcoRI แยกชิ้นส่วนบนเจล agarose ถ่ายโอนไปยังตัวกรองไนลอน และถูกผสมด้วยกัมมันตภาพรังสี สีเหลืองโคลน cDNA รูปแบบไดเจสต์ (สังเกตจากเจล agarose) แสดงในเลน 1 และรูปแบบของชิ้นส่วนไฮบริไดซ์ (สังเกตจาก autoradiogram หลังจากไฮบริไดเซชัน) แสดงในเลน 2 ขนาดของชิ้นส่วน EcoRI แสดงเป็น kb แขนขวาของเวกเตอร์ l นี้ยาว 6 kb และแขนซ้ายคือ 30 kb

ในการทดลองที่สอง โคลนดีเอ็นเอของจีโนมถูกย่อยด้วยช่วงความเข้มข้นของ EcoRI เพื่อให้ผลิตภัณฑ์มีตั้งแต่การย่อยบางส่วนไปจนถึงการย่อยที่สมบูรณ์ ผลิตภัณฑ์จากการตัดแยกถูกอบอ่อนให้เป็นโอลิโกนิวคลีโอไทด์ที่มีกัมมันตภาพรังสีที่ไฮบริไดซ์เฉพาะกับปลายเหนียวด้านขวาเท่านั้น (cosไซต์) ของดีเอ็นเอเวกเตอร์ l นี่เพียงวางแท็กกัมมันตภาพรังสีที่ด้านขวาสุดของผลิตภัณฑ์ทั้งหมดของปฏิกิริยาที่ขยายไปยังปลายด้านขวาของผลิตภัณฑ์ย่อย l โคลน (บางส่วนหรือทั้งหมด) ที่ไม่มีส่วนปลายด้านขวาของโคลน l จะไม่ถูกมองเห็น ผลลัพธ์ของการย่อยอาหารแสดงไว้ด้านบนทางด้านขวา เลน 1 เป็นโคลนของจีโนม DNA ใน l ที่ไม่ถูกย่อย เลน 5 เป็นการย่อยที่สมบูรณ์ด้วย EcoRI และเลน 2, 3 และ 4 เป็นการย่อยบางส่วนโดยใช้ปริมาณ EcoRI ที่เพิ่มขึ้น ขนาดของชิ้นส่วน DNA กัมมันตภาพรังสี (เป็น kb) จะได้รับและความหนาแน่นของการเติมในกล่องนั้นแปรผันตามความเข้มของสัญญาณบน autoradiogram

a) แผนที่ของชิ้นส่วน EcoRI ในโคลนดีเอ็นเอของจีโนมคืออะไร และชิ้นส่วนใดที่เข้ารหัส mRNA สำหรับ สีเหลืองยีน? คุณอาจต้องการกรอกรูปด้านล่างแขนซ้ายและขวาของเวกเตอร์ l ที่ได้รับ แสดงตำแหน่งของตำแหน่งการแตกแยกของ EcoRI ระยะห่างระหว่างพวกเขา (เป็น kb) และระบุชิ้นส่วนที่ผสมพันธุ์กับโคลน cDNA

ในการทดลองครั้งที่สาม ดีเอ็นเอพริกไทยจากโคลนดีเอ็นเอจีโนมถูกตัดออก ผสมพันธุ์กับ สีเหลืองmRNA ภายใต้สภาวะที่สนับสนุน RNA-DNA duplexes และตรวจสอบในกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนเพื่อให้เห็นภาพ R-loop สังเกตรูปแบบดังตัวอย่างต่อไปนี้ เส้นในภาพสามารถเป็นดูเพล็กซ์ DNA, RNA-DNA ดูเพล็กซ์ และ DNA ที่มีสายเดี่ยว

b) ข้อมูล R-loop บ่งบอกอะไร? โปรดวาดการตีความ R-loop โดยแสดงให้เห็นอย่างชัดเจนถึงสาย DNA สองเส้นและ mRNA และแยกความแตกต่างระหว่างสายแม่แบบ (ด้านล่างหรือส่วนเสริมของข้อความ) และสายที่ไม่ใช่แม่แบบ (บนสุดหรือข้อความที่มีความหมายเหมือนกัน)

ชิ้นส่วน EcoRI ที่ผสมพันธุ์กับ สีเหลืองโคลน cDNA ถูกแยกและย่อยด้วย SalI (S ในรูปด้านล่าง), HindIII (H) และการรวมกันของ SalI บวก HindIII (S+H) รูปแบบผลลัพธ์ของชิ้นส่วน DNA จะแสดงไว้ด้านล่างทั้งหมดจะผสมพันธุ์กับ สีเหลืองโคลน cDNA ความแตกแยกของชิ้นส่วน EcoRI ขนาด 5 kb ที่มี SalI ทำให้เกิดเศษส่วน 2.5 kb สองส่วน

c) แผนที่ของไซต์ SalI และ HindIII ในแต่ละส่วนย่อยของ EcoRI คืออะไร แสดงตำแหน่งของจุดแตกแยกและระยะห่างระหว่างจุดเหล่านี้ในแผนภาพด้านล่าง

ส่วนย่อย EcoRI 5 kb: ส่วนย่อย EcoRI 4 kb:

d) เปรียบเทียบแผนที่ข้อจำกัดเหล่านี้กับแผนที่ของ cDNA clone (ปัญหา 1.38) และ R-loop ที่แสดงด้านบน สมมติว่าไซต์ SalI และ HindIII ในจีโนมดีเอ็นเอสอดคล้องกับไซต์ในโคลน cDNA คุณสามารถสรุปอะไรเกี่ยวกับโครงสร้างอินทรอน/เอ็กซอนของ สีเหลืองยีนที่มีอยู่ในชิ้นส่วน EcoRI ขนาด 5 kb และ 4 kb? โปรดสร้างแผนภาพโครงสร้าง exon-intron ให้ละเอียดที่สุดเท่าที่ข้อมูลที่อนุญาต (เช่น แสดงขนาดของ intron และตำแหน่งของจุดเชื่อมต่อ intron/exon ให้แม่นยำที่สุด)

ส่วนย่อย EcoRI 5 kb: ส่วนย่อย EcoRI 4 kb:

e) พิจารณาข้อมูลทั้งหมด (แผนที่ของ cDNA และ genomic clones และการวิเคราะห์ R-loop) คุณสามารถสรุปอะไรเกี่ยวกับจำนวนและที่ตั้งของ สีเหลืองยีนในโคลนจีโนมนี้?

3.13 คุณได้แยก cDNA โคลนคู่เบส 1100 คู่สำหรับยีนที่เรียกว่า สีฟ้า ว่าเมื่อกลายพันธุ์จะทำให้ตาสีฟ้าในกบ คุณยังแยก 3000 bp สาละฉันจีโนมชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่ผสมพันธุ์กับ สีฟ้าซีดีเอ็นเอ แผนที่ของ สีฟ้า cDNA มีดังต่อไปนี้ โดยมีขนาดของแฟรกเมนต์เป็น bp

การย่อยอาหาร 3000 bp สาละI ชิ้นส่วนของจีโนม DNA ที่มีเอ็นโดนิวคลีเอสจำกัดที่ระบุให้รูปแบบของชิ้นส่วนต่อไปนี้ ซึ่งทั้งหมดผสมพันธุ์กับ สีฟ้าซีดีเอ็นเอ จำไว้ว่าส่วนเริ่มต้นมี สาละฉันไซต์ที่ปลายแต่ละด้าน ขนาดของแฟรกเมนต์อยู่ใน bp

แบมฮิ แบม+Pst PstI Pst+Eco EcoRI แบม+Eco

NS สาละฉันถึง สาละชิ้นส่วนจีโนม I (3000 bp) ถูกผสมเข้ากับชิ้นส่วน cDNA 1100 bp และตรวจสอบเฮเทอโรดูเพล็กซ์ในกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน การวัดโมเลกุลจำนวนมากส่งผลให้เกิดการกำหนดขนาดที่ระบุในโครงสร้างทางด้านซ้าย กล่าวคือ บริเวณดูเพล็กซ์ที่ 400 และ 600 bp ถูกขัดจังหวะด้วยลูปเกลียวเดี่ยว 1,500 นิวคลีโอไทด์และขนาบข้างด้วยบริเวณเกลียวเดี่ยว 500 และ 100 นิวคลีโอไทด์ เมื่อทำการทดลองเดียวกันกับ 2700 bp สาละฉันถึง อีโคชิ้นส่วนจีโนม DNA ของ RI ถูกผสมเข้ากับชิ้นส่วน cDNA โดยสังเกตโครงสร้างทางด้านขวา


a) แผนที่ข้อ จำกัด ของ 3000 bp .คืออะไร สาละฉันถึง สาละฉันชิ้นส่วนจีโนมดีเอ็นเอจาก สีฟ้ายีน? ระบุระยะทางระหว่างไซต์ในคู่ฐาน

b) มีอินตรอนกี่ตัวใน สีฟ้าจีโนมชิ้นส่วนดีเอ็นเอ?

c) exons อยู่ที่ไหนใน สีฟ้าจีโนมชิ้นส่วนดีเอ็นเอ? วาด exons เป็นกล่องบนแผนที่ข้อ จำกัด ของ 3000 bp สาละฉันถึง สาละฉันชิ้นส่วนจีโนมดีเอ็นเอ? ระบุ (เป็นคู่ฐาน) ระยะห่างระหว่างไซต์การจำกัดและขอบเขตอินตรอน/เอ็กซอน

3.14 รีเซพเตอร์ T-cell มีอยู่ใน T-lymphocytes เท่านั้น ไม่มีใน B-lymphocytes หรือเซลล์อื่นๆ อธิบายกลยุทธ์ในการแยกตัวรับทีเซลล์โดยการผสมแบบลบ โดยใช้อาร์เอ็นเอจากที-ลิมโฟไซต์และจากบี-ลิมโฟไซต์

3.15.อินซูลินของมนุษย์มีเอ็กซอนกี่ตัว (INS) ยีน พวกมันมีขนาดเท่าใด และอินตรอนที่แยกพวกมันมีขนาดเท่าใด ใช้แนวทางชีวสารสนเทศที่แตกต่างกันสามวิธีในการตอบคำถามนี้

NS. จัดลำดับจีโนมที่มีอยู่ซึ่งประกอบด้วย INS(เข้ารหัสอินซูลิน) ด้วยลำดับของ mRNA เพื่อค้นหาเอ็กซอนและอินตรอนใน INSยีน. ไฟล์ลำดับคือ:

INSmRNA: เลขทะเบียน NM_000207

INS ยีน (รวมถึงส่วนหนึ่งของ NSและ IGF2นอกจาก INS): หมายเลขทะเบียน L15440

สามารถรับไฟล์ได้จาก NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) หรือจากเว็บไซต์ของหลักสูตร (www.bmb.psu.edu/Courses/bmb400/default.htm)

จัดแนว mRNA (cDNA) และลำดับจีโนมโดยใช้ BLAST2เซิร์ฟเวอร์ลำดับที่

Sim4ได้รับการออกแบบมาเพื่อคำนึงถึงความซ้ำซ้อนของเทอร์มินัลที่ทางแยก exon/intron ในขณะที่ BLAST2ไม่. คุณเห็นเอฟเฟกต์นี้ในผลลัพธ์หรือไม่?

NS. ใช้ เริ่มต้นโปรแกรมค้นหา exon Genscan, สามารถดูได้ที่

เพื่อทำนาย exons ใน INSลำดับจีโนม (L15440)

เปรียบเทียบกับผลการวิเคราะห์กับโปรแกรมอย่างไร genscan?

ค. คุณเห็นเพื่ออะไร INSที่ Human Genome Browser and Ensembl? สามารถเข้าถึงได้ที่:


บทที่ 10. โทโพโลยี: การเปลี่ยนรูปหน้าที่ของ DNA

  1. ให้นิยามแต่ละข้อต่อไปนี้: โครมาติน ฮิสโตน นิวคลีโอโซม และอีพีเจเนติก
    • โครมาติน​เป็น​คอมเพล็กซ์​ใย​ของ​ดีเอ็นเอ ฮิสโตน หรือ​โปรตีน​อื่น ๆ ประกอบ​เป็น​โครโมโซม​ยูคาริโอต
    • ฮิสโตนเป็นตระกูลของโปรตีนพื้นฐานที่เชื่อมโยงกับ DNA อย่างแน่นหนาในโครโมโซมของเซลล์ยูคาริโอตทั้งหมด
    • นิวคลีโอโซมอยู่ในยูคาริโอต ซึ่งเป็นหน่วยโครงสร้างสำหรับบรรจุโครมาตินที่ประกอบด้วยเส้น DNA พันรอบแกนฮิสโตน
    • Epigenetics เป็นการสืบทอดของลักษณะที่ได้รับโดยวิธีการที่ไม่เกี่ยวข้องกับลำดับนิวคลีโอไทด์ของโครโมโซมผู้ปกครอง
    • โทพอยโซเมอเรสตัด DNA ให้หมุน คลายตัว และไข DNA
    • Helicases ​คลาย DNA โดยแยกเส้น
      • นำไปสู่การ supercoiling ในเชิงบวก

ฮิสโตนอ็อกทาเมอร์มีโครงสร้างอย่างไร
คอมเพล็กซ์โปรตีนแปดตัวที่พบในศูนย์กลางของอนุภาคแกนนิวคลีโอโซมซึ่งประกอบด้วยโปรตีนฮิสโตนหลักสี่ตัวแต่ละตัว (H2A, H2B, H3 และ H4)
NS. กรดอะมิโนตัวใดที่ตกค้างอยู่เหนือกว่าและเหตุใดจึงอาจเป็น

NS. ลวดลายใดที่พบในแต่ละหน่วยย่อยของฮิสโตน

“ลิงค์เกอร์ DNA” คืออะไร? (และสามารถระบุได้เมื่อมีโอกาส)


กฎมรดกเมนเดล

Gregor Mendel ทำการทดลองการผสมพันธุ์กับถั่วลันเตาเป็นเวลา 7 ปีและเสนอกฎการสืบทอด เขาเลือกกลุ่มตัวอย่างขนาดใหญ่ที่มีความน่าเชื่อถือมากขึ้นในการรวบรวมข้อมูล เขาสำรวจถั่วลันเตาที่มีลักษณะแตกต่างกัน เช่น เมล็ดสีเหลืองหรือสีเขียว เมล็ดสูงหรือแคระ เป็นต้น ซึ่งช่วยในการสร้างกรอบพื้นฐานของมรดก ในระหว่างการทดลอง Mendel ยังได้ผสมเกสรเทียมผ่านสายพันธ์อัญชันพันธุ์แท้ที่แตกต่างกัน เขาเลือกพันธุ์ต้นถั่วจริง 14 พันธุ์ และเลือกลักษณะที่ตัดกันต่างกัน ลักษณะเฉพาะบางลักษณะได้แก่ เมล็ดเรียบหรือมีรอยย่น สูงหรือแคระ เมล็ดสีเหลืองหรือเขียว เป็นต้น

ตารางต่อไปนี้แสดงลักษณะที่ตัดกันเจ็ดประการที่เลือกโดย Mendel ในถั่วสำหรับการทดลอง:


บทความวารสารวิทยาศาสตร์สำหรับการอ่านเพิ่มเติม

Maston GA, อีแวนส์ SK, Green MR. องค์ประกอบการกำกับดูแลการถอดเสียงในจีโนมมนุษย์ Annu Rev Genomics Hum Genet 20067:29-59. ทบทวน. PubMed: 16719718.

ENCODE โครงการ Consortium สารานุกรมบูรณาการขององค์ประกอบดีเอ็นเอในจีโนมมนุษย์ ธรรมชาติ. 2555 ก.ย. 6489(7414):57-74. ดอย: 10.1038/ธรรมชาติ11247. PubMed: 22955616 มีข้อความเต็มฟรีจาก PubMed Central: PMC3439153

Plank JL, Dean A. Enhancer function: ข้อมูลเชิงลึกด้านกลไกและจีโนมมารวมกัน โมลเซลล์. 2014 ก.ค. 355(1):5-14. ดอย: 10.1016/j.molcel.2014.06.015. ทบทวน. PubMed: 24996062.


ความแตกต่างระหว่างกรดอะมิโนกับนิวคลีโอไทด์คืออะไร?

กรดอะมิโนเป็นโมโนเมอร์ของโมเลกุลโปรตีนในขณะที่นิวคลีโอไทด์เป็นโมโนเมอร์ของกรดนิวคลีอิก ดังนั้นนี่คือความแตกต่างที่สำคัญระหว่างกรดอะมิโนและนิวคลีโอไทด์ นอกจากนี้กรดอะมิโนยังมีอะตอม C, H, N, O และ S ในขณะที่นิวคลีโอไทด์มีอะตอม C, H, N, O และ P ดังนั้น นี่คือความแตกต่างระหว่างกรดอะมิโนและนิวคลีโอไทด์อีกประการหนึ่ง นอกจากนี้ กรดอะมิโนยังมี COOH, NH2 และหมู่ R ในขณะที่นิวคลีโอไทด์มีน้ำตาลเพนโทส เบสไนโตรเจนและกลุ่มฟอสเฟต

ด้านล่างนี้คืออินโฟกราฟิกของความแตกต่างระหว่างกรดอะมิโนและนิวคลีโอไทด์


การกลายพันธุ์ของยีนคืออะไร

การกลายพันธุ์ของยีนคือการเปลี่ยนแปลงลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน การกลายพันธุ์ของยีนอาจเกิดจากข้อผิดพลาดในการจำลองแบบดีเอ็นเอระหว่างการแบ่งเซลล์โดยทั้งไมโทซิสและไมโอซิส นอกจากนี้ การกลายพันธุ์ของยีนยังเกิดจากปัจจัยแวดล้อม เช่น รังสียูวีและสารเคมี ปัจจัยเหล่านี้เรียกว่าการกลายพันธุ์ โรคโลหิตจางเซลล์เคียว, ฮีโมฟีเลีย, โรคซิสติกไฟโบรซิส, โรคฮันติงตัน, โรคเทย์-แซคส์ และมะเร็งหลายชนิดเกิดจากการกลายพันธุ์ของยีน การกลายพันธุ์ของยีนสองประเภทคือการกลายพันธุ์ของจุดและการแทรกหรือลบคู่เบส

การกลายพันธุ์ของจุด

การกลายพันธุ์ของจุดเกิดจากการแทนที่นิวคลีโอไทด์เดี่ยว การแทนที่นิวคลีโอไทด์เดี่ยวสามประเภทสามารถระบุได้ว่าเป็นการกลายพันธุ์แบบเงียบ การกลายพันธุ์ที่ผิดพลาด และการกลายพันธุ์ที่ไร้สาระ การเปลี่ยนแปลงนิวคลีโอไทด์เดี่ยวบางอย่างสามารถทนได้เนื่องจากยังคงผลิตโปรตีนชนิดเดียวกันเนื่องจากความเสื่อมของรหัสพันธุกรรม การกลายพันธุ์ประเภทนี้เรียกว่า การกลายพันธุ์เงียบ. การเปลี่ยนแปลงบางอย่างในนิวคลีโอไทด์อาจเปลี่ยนแปลงกรดอะมิโนที่สอดคล้องกัน โปรตีนที่ผลิตประกอบด้วยคุณสมบัติที่แตกต่างกันเมื่อเทียบกับโปรตีนดั้งเดิม การกลายพันธุ์ประเภทนี้เรียกว่า missense กลายพันธุ์. การเปลี่ยนแปลงบางอย่างของนิวคลีโอไทด์อาจแนะนำสัญญาณการยับยั้งการแปล เช่น สต็อปโคดอน การกลายพันธุ์ประเภทนี้เรียกว่า การกลายพันธุ์ไร้สาระ. การกลายพันธุ์ที่ไร้สาระทำให้เกิดโปรตีนที่สั้นลงซึ่งไม่สามารถทำงานได้

รูปที่ 1: การกลายพันธุ์ของยีน – การกลายพันธุ์ของจุด

การแทรกหรือการลบคู่เบส

คู่ฐานสามารถแทรกหรือลบออกจากลำดับเดิมได้ การกลายพันธุ์ประเภทนี้สามารถเปลี่ยนกรอบการอ่านที่เปิดอยู่ได้ ดังนั้นจึงเรียกว่าการกลายพันธุ์ของเฟรมชิฟต์ กระบวนการแปลอาจได้รับผลกระทบจากการแนะนำ codon หยุดในลำดับที่เร็วเกินไปหรือช้าเกินไป การกลายพันธุ์ของยีนแสดงใน รูปที่ 1.


การกลายพันธุ์ของยีน MTHFR คืออะไร?

การกลายพันธุ์ของยีน MTHFR คือการเปลี่ยนแปลงในลำดับนิวคลีโอไทด์ (การเปลี่ยนแปลงเบสเดียว) ที่ทำให้เกิดปัญหาสุขภาพร้ายแรง ภาวะที่มีมาแต่กำเนิด และปัญหาที่เกี่ยวข้องกับการตั้งครรภ์

การกลายพันธุ์ของยีน MTHFR ทั่วไปคืออะไร?

C667T และ A1298C เป็นสองสายพันธุ์หรือการกลายพันธุ์ของยีน MTHFR ที่เกี่ยวข้องกับปัญหาพัฒนาการ การสืบพันธุ์ และปัญหาทางจิตต่างๆ C667T ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงของกรดอะมิโนจากอะลานีนเป็นวาลีน ในขณะที่ A1298C ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงในกรดอะมิโนกลูตาเมตเป็นอะลานีน

การกลายพันธุ์ของยีน MTHFR ทำให้เกิดอะไร?

การกลายพันธุ์ของยีน MTHFR ทำให้เกิดปัญหาสุขภาพที่หลากหลาย เช่น ภาวะซึมเศร้า โรคไบโพลาร์ โรคอัลไซเมอร์ ความผิดปกติของท่อประสาท ภาวะมีบุตรยาก และการสูญเสียการตั้งครรภ์ซ้ำ

การทดสอบ MTHFR เชิงบวกหมายความว่าอย่างไร

การทดสอบ MTHFR เชิงบวกหมายความว่าคุณมีอัลลีลหรือตัวแปรเดียวหรือสองอัลลีลหรือตัวแปรของยีน MTHFR กลายพันธุ์ คุณควรต้องติดต่อแพทย์ของคุณในกรณีนั้น

จะทำอย่างไรในกรณีของการกลายพันธุ์ MTHFR?

การกลายพันธุ์ของยีน MTHFR ไม่สามารถทำให้เกิดปัญหาร้ายแรงได้ในกรณีส่วนใหญ่ ทานอาหารเสริมโฟเลตตามคำแนะนำของแพทย์หรือรับประทานอาหารที่มีโฟเลตที่ดีต่อสุขภาพ

อาการทั่วไปของการกลายพันธุ์ของยีน MTHFR คืออะไร?

อาการป่วยทางจิต, ซึมเศร้า, โรคอารมณ์สองขั้ว, การทำแท้งซ้ำ, ระดับโฟเลตที่ลดลงและภาวะมีบุตรยากเป็นอาการทั่วไปของมัน

จะเอาชนะปัญหา MTHFR ได้อย่างไร?

กินอาหารที่มีประโยชน์ต่อสุขภาพและอุดมด้วยโฟเลต ผักและผลไม้ ใช้ยาหากจำเป็น

ที่มาและลิงค์:

Leclerc D, Sibani S, Rozen R. Molecular Biology ของ Methylenetetrahydrofolate Reductase (MTHFR) และภาพรวมของการกลายพันธุ์/Polymorphisms ใน: ฐานข้อมูลมาดามกูรีชีววิทยาศาสตร์ [อินเทอร์เน็ต] ออสติน (TX): Landes Bioscience 2000-2013


อภิธานศัพท์พันธุศาสตร์ - VGL Vocab

อัลลีล: อัลลีลเป็นยีนสำรอง สิ่งนี้เรียกว่าตัวแปรของยีน เกิดจากความแตกต่างในลำดับของ DNA ที่ตำแหน่งเฉพาะภายในยีน

กรดอะมิโน: โมเลกุลอินทรีย์ที่เป็นส่วนประกอบสำคัญของโปรตีน มีกรดอะมิโนมาตรฐาน 20 ชนิดที่ระบุโดยข้อมูล (codon) ที่จัดเก็บไว้ใน DNA

ออโตโซมอล: ของหรือเกี่ยวข้องกับออโตโซมซึ่งเป็นโครโมโซมที่ไม่ใช่เพศ กล่าวอีกนัยหนึ่งคือโครโมโซมอื่นนอกเหนือจาก X และ Y (ในสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม)

ผู้ให้บริการ: สิ่งมีชีวิตที่มีอัลลีลถอยหนึ่งสำเนา (heterozygous) คำว่า “พาหะ” มักใช้ในบริบทของแวเรียนต์ที่เกี่ยวข้องกับโรคหรืออย่างอื่นที่เป็นอันตราย เนื่องจากพาหะเป็นพาหะต่างกัน จึงไม่แสดงฟีโนไทป์ของอัลลีลด้อย อย่างไรก็ตาม พาหะสามารถส่งอัลลีลแบบถอยไปยังลูกหลานได้ และสามารถผลิตลูกหลานที่ได้รับผลกระทบได้หากคู่ของพวกมันมีส่วนทำให้เกิดอัลลีลแบบถอย

ความฝัน: เมื่อสิ่งมีชีวิตหรือเนื้อเยื่อประกอบด้วย DNA ที่สมบูรณ์ที่แตกต่างกันอย่างน้อยสองชุดซึ่งมีต้นกำเนิดจากไซโกตมากกว่าหนึ่งตัว ในสัตว์ สิ่งนี้สามารถเกิดขึ้นได้เมื่อไข่ที่ปฏิสนธิสองฟองหลอมรวมกันตั้งแต่แรกเริ่มระหว่างตั้งครรภ์หรือเมื่อฝาแฝดแลกเปลี่ยนเซลล์

โครโมโซม: โครงสร้างทางกายภาพที่เก็บข้อมูลทางพันธุกรรม ประกอบด้วย DNA ยาวๆ พันรอบโปรตีน

ร่วมครอบงำ: อัลลีลทั้งสองที่โลคัสแสดงออกอย่างเท่าเทียมกันในร่างกาย สิ่งนี้สามารถนำไปสู่การปรากฏตัวของฟีโนไทป์ที่ "ผสม" แต่แตกต่างจากการครอบงำที่ไม่สมบูรณ์

ตัวอย่าง: กรุ๊ปเลือดในมนุษย์ ผู้ที่มีกรุ๊ปเลือด AB จะแสดงทั้งโปรตีน A และ B บนผิวเซลล์เม็ดเลือดแดง

โคดอน: ลำดับของนิวคลีโอไทด์ที่ต่อเนื่องกันสามตัวใน DNA หรือ RNA ที่ระบุการสังเคราะห์กรดอะมิโนเดี่ยว (หรือทำหน้าที่เป็นสัญญาณเริ่มต้นหรือหยุด) ระหว่างการแปล mRNA เป็นโปรตีน มี 64 codons ซึ่ง 61 ระบุกรดอะมิโนและ 3 เป็นสัญญาณหยุด

ทะลุทะลวงเต็มที่: ลักษณะที่มีการทะลุทะลวงอย่างสมบูรณ์จะแสดงในบุคคลทุกคนที่มีอัลลีลที่เป็นสาเหตุ

สารประกอบเฮเทอโรไซโกต: เฮเทอโรไซโกตแบบผสมมีอัลลีลกลายพันธุ์ที่แตกต่างกันสองอัลลีลที่ตำแหน่งทางพันธุกรรมเดียวกัน (หนึ่งอันในแต่ละโครโมโซม)

ตัวอย่าง: มีสองสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องกับการกลายพันธุ์ของตาเสือในม้าเปอร์โตริโก Paso Fino, TE1 และ TE2 สายพันธุ์ไวด์ปกติคือ N ม้าสามารถเป็น N/N (ไม่มีตาเสือ), N/TE1 หรือ N/TE2 (ไม่มีตาเสือ, พาหะเฮเทอโรไซกัส), TE1/TE1 หรือ TE2/TE2 (ตาเสือ, โฮโมไซกัสด้อย ) หรือ TE1/TE2 (ตาเสือ, เฮเทอโรไซโกตแบบผสม)

การลบ: การกลายพันธุ์ประเภทหนึ่งซึ่งส่วนหนึ่งของลำดับดีเอ็นเอหายไป การสูญเสียอาจมีขนาดเล็กเท่ากับคู่เบสเดียวหรือมากเท่ากับทั้งส่วนของโครโมโซม

การเจือจาง (สีขน): การเจือจางเกิดขึ้นเมื่อยีนสร้างเม็ดสีที่แปรผันทำให้สีขนของสัตว์สว่างขึ้น การกลายพันธุ์แบบเจือจางสามารถเจือจางเม็ดสีทั้งหมด (ทั้งยูเมลานินและฟีโอเมลานิน) หรือเม็ดสีเพียงชนิดเดียว (ยูเมลานินหรือฟีโอเมลานิน) สาเหตุทางกายภาพของสีขนที่จางลงอาจแตกต่างกันไป จากการลดปริมาณของเม็ดสีที่ผลิตไปจนถึงการถ่ายโอนเม็ดสีที่ไม่มีประสิทธิภาพจากเมลาโนไซต์ไปยังเซลล์รูขุมขน

ในแมว อัลลีลที่เจือจาง d จะสร้างการเจือจางของเม็ดสีทั้งหมด (และด้วยเหตุนี้สีขนทั้งหมด) โดยทำให้เกิดการเกาะเป็นก้อนและการกระจายเม็ดสีที่ไม่สม่ำเสมอในเส้นผม

ในสุนัข Intensity Dilution allele in ทำให้เกิดการเจือจางอย่างรุนแรงของ phaeomelanin (เม็ดสีแดงหรือสีเหลือง) ส่งผลให้ขนมีสีครีมถึงขนสีขาวในสุนัข ยูเมลานินไม่ได้รับผลกระทบ

ในม้า dun allele D ส่งผลกระทบต่อทั้งเม็ดสีของยูเมลานิน (สีดำ) และฟีโอเมลานิน (สีแดง) ซึ่งทำให้ขนเจือจาง แต่ปล่อยให้ส่วนหัว ขาส่วนล่าง แผงคอ และหางไม่เจือปน

ดิพลอยด์: มีโครโมโซมครบชุด 2 ชุด ชุดหนึ่งได้รับมาจากแม่และชุดหนึ่งจากพ่อ

ดีเอ็นเอ: กรดดีออกซีไรโบนิวคลีอิก ซึ่งเป็นโมเลกุลอินทรีย์เชิงซ้อนที่มีความสามารถในการจำลองแบบตัวเองและนำพาและจัดเก็บข้อมูลทางพันธุกรรม ดีเอ็นเอเป็นวัสดุของการถ่ายทอดทางพันธุกรรมและพบได้ในสิ่งมีชีวิตที่รู้จักทั้งหมด

ลำดับดีเอ็นเอ: ลำดับของนิวคลีโอไทด์บนสายดีเอ็นเอ ตัวอย่าง: TAAGTCTGACACAAT

ที่เด่น: ลักษณะเด่นเมื่อต้องการสำเนาของอัลลีลที่แปรผันเพียงสำเนาเดียวเพื่อให้สัตว์แสดงฟีโนไทป์ได้

ทำซ้ำ: ชนิดของการกลายพันธุ์ที่ยีนหรือส่วนหนึ่งของลำดับของยีนซ้ำกัน

Epistasis: ประเภทของปฏิสัมพันธ์ระหว่างยีนที่ยีนที่โลคัสหนึ่งปิดบังฟีโนไทป์หรือการแสดงออกของอัลลีลของยีน/โลคัสอื่น

ตัวอย่าง: อัลลีลที่โดดเด่นสำหรับสีขนสีส้ม (แสดงด้วย O) สามารถมีอยู่ในโครโมโซม X ของแมว ส้มที่โดดเด่นนี้แยกจากยีนออโตโซมที่ควบคุม agouti/ขนสีดำ (Agouti) และมีผลกระทบต่อยีน agouti แมวเพศผู้ (X/Y) ที่มีอัลลีลสีส้มเด่น (O) จะเป็นสีส้มโดยไม่คำนึงถึงยีนของพวกมันที่ agouti locus

Exon: ส่วนของ DNA ในยีนที่กำหนดรหัสกรดอะมิโนของผลิตภัณฑ์โปรตีน หลังจากลบลำดับอินตรอนที่แทรกแซงแล้ว exons จะถูกประกบเข้าด้วยกันเพื่อสร้าง RNA ของผู้ส่งสารที่เจริญเต็มที่ RNA ของผู้ส่งสารนี้ (หรือ mRNA) จะถูกแปลเป็นโปรตีน

การแสดงออก (ของยีน): ผลลัพธ์ฟีโนไทป์ที่เกิดจากการถอดความและการแปลยีนในลักษณะที่ยีนปรากฏเป็นฟีโนไทป์

แก้ไขแล้ว: อัลลีลถูกอธิบายว่าถูกกำหนดในประชากรเมื่อเป็นอัลลีลเดียวสำหรับยีนที่กำหนดที่มีอยู่ในประชากร กล่าวอีกนัยหนึ่ง บุคคลทั้งหมดในประชากรจะเป็นโฮโมไซกัสสำหรับตัวแปรนั้น

ตัวอย่าง: หนึ่งในลักษณะที่กำหนดของสายพันธุ์แมวรัสเซียนบลูคือขนสีเทาเจือจาง ("สีน้ำเงิน") ซึ่งเป็นลักษณะถอย แมว Russian Blue ทั้งหมดมียีนเป็น d/d และอัลลีล D ที่โดดเด่นไม่มีอยู่ในประชากร ดังนั้นสายพันธุ์นี้จึงถูกกำหนดให้เจือจาง

การกลายพันธุ์ของเฟรมชิฟต์: การแทรกหรือการลบคู่เบสในลำดับ DNA ซึ่งจำนวนของคู่เบสที่เพิ่มหรือลบนั้นไม่ใช่ผลคูณของสาม จึงเป็นการเปลี่ยนกรอบการอ่าน triplet ของผลิตภัณฑ์ยีน (โปรตีน) ส่งผลให้มีการสังเคราะห์โปรตีนด้วยกรดอะมิโนที่แตกต่างจากที่ยีนระบุตามปกติ

ยีน: ลำดับของ DNA ที่ครอบครองตำแหน่งที่แน่นอน (locus) บนโครโมโซม สำหรับยีนเหล่านั้นที่เข้ารหัสโปรตีน ลำดับของ DNA ที่ประกอบรวมด้วยยีนชี้นำการสังเคราะห์ผลิตภัณฑ์โปรตีน ยีนเป็นหน่วยพื้นฐานของการถ่ายทอดทางพันธุกรรม

จีโนม: ลำดับ DNA ที่สมบูรณ์ของสิ่งมีชีวิตที่พบในโครโมโซมชุดเดียว ซึ่งรวมถึง DNA ที่ประกอบขึ้นเป็นยีนของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมมากกว่า 20,000 ยีน รวมถึงบริเวณที่ไม่ได้เข้ารหัสทั้งหมดของ DNA

จีโนไทป์: ชุดยีนของสิ่งมีชีวิตที่ประกอบขึ้นจากพันธุกรรมของสิ่งมีชีวิตนั้น ในทางปฏิบัติและในบริบทของการทดสอบทางพันธุกรรม คำว่า "จีโนไทป์" ใช้เพื่ออ้างอิงยีนที่สนใจโดยเฉพาะและเพื่อระบุสำหรับบุคคลที่ได้รับการทดสอบว่ามีอัลลีลใดบ้างที่ตำแหน่งนั้น

สายเชื้อโรค: เซลล์ที่ถ่ายทอดข้อมูลทางพันธุกรรมจากรุ่นสู่รุ่น โดยเฉพาะเซลล์ไข่และสเปิร์มเรียกว่าเซลล์สืบพันธุ์ ในขณะที่เซลล์อื่นๆ ของร่างกายเรียกว่าเซลล์โซมาติก

Haplotype: haplotype ถูกกำหนดให้เป็นการรวมกันของอัลลีลที่สืบทอดมารวมกันเป็นชุดของ DNA polymorphisms ที่พบในโครโมโซมเดียวกัน

เฮเทอโรพลาสซึม: Heteroplasmy เกิดขึ้นเมื่อมี mitochondrial DNA (mtDNA) มากกว่าหนึ่งชนิดในแต่ละคน

เฮเทอโรไซกัส: มีอัลลีลที่แตกต่างกันสองอัลลีล ณ สถานที่เฉพาะเจาะจง

โฮโมไซกัส: มีอัลลีลเหมือนกัน ณ ที่ใดที่หนึ่ง ในสิ่งมีชีวิตแบบดิพลอยด์ซึ่งมียีนออโตโซมแต่ละตัวสองสำเนา หมายความว่ามีสำเนาของตัวแปรเดียวกันสองชุด

การปกครองที่ไม่สมบูรณ์: ลักษณะเด่นไม่สมบูรณ์เมื่อฟีโนไทป์ขึ้นอยู่กับจำนวนสำเนาของอัลลีลตัวแปรที่มีอยู่ กล่าวอีกนัยหนึ่งฟีโนไทป์จะแตกต่างกันหากมีอัลลีลเป็นศูนย์หนึ่งหรือสองชุด โดยทั่วไปแล้ว เฮเทอโรไซโกตจะมีฟีโนไทป์ขั้นกลางระหว่างสภาวะโฮโมไซกัสทั้งสองแบบ

ตัวอย่าง: ม้าที่มีสีพื้นเป็นสีแดงและอัลลีลแบบครีมหนึ่งสำเนามีฟีโนไทป์ระดับกลางของพาโลมิโน ขณะที่อัลลีลแบบครีมสองชุดจะสร้างสีเครเมลโลสีซีดกว่า

การเจาะไม่สมบูรณ์: เงื่อนไขหรือลักษณะที่มีการทะลุทะลวงไม่สมบูรณ์จะแสดงเฉพาะในบุคคลบางคนที่มีอัลลีลที่เกี่ยวข้องกับลักษณะเฉพาะ บุคคลบางคนที่มีอัลลีลอาจไม่แสดงลักษณะดังกล่าว

การแทรก: การเพิ่มคู่เบสของ DNA เข้ากับลำดับ DNA ที่มีอยู่ การสอดแทรกอาจมีขนาดเล็กเท่ากับคู่เบสเดี่ยวหรือใหญ่เท่ากับโครโมโซมทั้งส่วนของโครโมโซมที่ครอบคลุมยีนหลายตัว

อินตรอน: ส่วนของ DNA ในยีนที่ไม่ได้เข้ารหัสโปรตีน อินตรอนเป็นลำดับที่แทรกแซงระหว่างบริเวณการเข้ารหัสของยีน ซึ่งเรียกว่าเอ็กซอน อินตรอนที่ไม่มีการเข้ารหัสนั้นถูกประกบออกจาก RNA พรีเมสเซนเจอร์ เหลือเพียงการเข้ารหัสเอ็กซอนใน RNA ของผู้ส่งสารที่เป็นผลลัพธ์ แต่ละยีนอาจมีอินตรอนหลายตัว

การกลายพันธุ์แบบอินโทรนิก: การกลายพันธุ์ที่เกิดขึ้นในอินตรอน หรือส่วนหนึ่งของยีนที่ไม่มีรหัสสำหรับโปรตีน

การกลายพันธุ์ที่ร้ายแรง (อัลลีลร้ายแรง): การกลายพันธุ์ที่ร้ายแรงทำให้สิ่งมีชีวิตเสียชีวิตก่อนวัยอันควร การกลายพันธุ์ที่ทำให้ถึงตายอาจนำไปสู่การตายในทุกระยะของการพัฒนาของสิ่งมีชีวิต รวมถึงหลังคลอด แต่มักเกิดขึ้นในระยะแรกของการพัฒนาของตัวอ่อนหรือทารกในครรภ์

ตัวอ่อนตาย: จีโนไทป์ถือเป็นตัวอ่อนที่ทำให้ตายได้หากเป็นสาเหตุของการสิ้นสุดการพัฒนาของตัวอ่อน Some individuals with embryonic lethal mutations can survive to term but are nonviable.

โลคัส: The location of a particular gene on a chromosome. Plural is loci.

เมนเดเลียน (มรดก Mendelian): Pattern of inheritance that follows the principles proposed by botanist Gregor Mendel. Mechanistically, Mendelian inheritance follows the law of segregation and the law of independent assortment.

Law of segregation: Alleles segregate when gametes (sperm and egg) are formed during meiosis (division of cells to form specialized reproductive cells). Each gamete thus carries only one version of the gene (one allele).

Law of independent assortment: The alleles of any one gene will segregate independently from the alleles of other genes (with the exception of genes located close together on a chromosome).

Single locus autosomal dominant, autosomal recessive, and X-linked inheritance patterns follow Mendel’s laws and are said to be Mendelian. Non-Mendelian inheritance patterns can be caused by epistasis and other complex genetic phenomena including multiple genes and environmental components.

Melanocyte: A specialized cell that produces melanin. Found in the skin, some structures of the eye, the inner ear, and several other tissues.

เมลาโนมา: A type of cancer, typically in the skin, that arises from changes in an individual’s melanocytes.

Microsatellite: Regions of repeated DNA found abundantly throughout the genome, often in non-coding areas, and which are highly variable and prone to mutation (see short tandem repeats). The various forms of a given microsatellite (identified by differences in the number of repeats) are referred to as alleles, and these are inherited in a Mendelian fashion. Genetic variation at the microsatellite level can be used to identify individuals (see microsatellite marker).

Microsatellite marker: Specific microsatellite sequences (short tandem repeats) found at a particular location on a chromosome that are often used in various kinds of genetic analyses. Microsatellite markers can be used to identify individuals and have applications in forensics, parentage analysis, and studies of populations.

การกลายพันธุ์ของ Missense: A specific type of change in the nucleotide sequence of an organism’s DNA in which a single change in the DNA causes a change in the building block (amino acid) of the gene product (protein).

ไมโตคอนเดรีย: Mitochondria (singular: mitochondrion) are membrane bound organelles, or specialized parts of cells. They play a key role in generating cellular energy known as adenosine triphosphate (ATP). Mitochondria possess their own independent genome separate from the DNA found in the nucleus (see: mitochondrial DNA).

Mitochondrial DNA: DNA found specifically in the mitochondria. Mitochondrial DNA is a single, circular chromosome. In mammals, this DNA is transmitted primarily from mother to offspring via maternal egg cells.

Mitotype: Mitochondrial haplotype a set of variants (alleles) that are inherited together on the mitochondrial DNA.

Mode of inheritance: The manner in which a trait is inherited across generations the pattern of transmission of a genetic trait.

Examples: autosomal recessive inheritance, autosomal dominant, X-linked inheritance.

Modifier: A gene that affects (or modifies) the phenotypic outcome, actions, or product of another gene.

Mutation: A change in the nucleotide sequence of DNA. A mutation can be small (e.g. single base pair) or large (e.g. segment of a chromosome encompassing multiple genes). Mutations create alleles, which are alternate versions of a gene.

การกลายพันธุ์ไร้สาระ: A specific type of change in the nucleotide sequence of an organism’s DNA in which a single change in the DNA causes a premature stop or truncation of the gene product (protein).

นิวคลีโอไทด์: An organic molecule that is the basic structural unit of DNA (and RNA). Nucleotides consist of a nitrogenous base, a five-carbon sugar molecule, and a phosphate group. In DNA, the nitrogenous bases are Adenine (A), Guanine (G), Thymine (T), and Cytosine (C). In RNA, Uracil (U) replaces Thymine (T).

ทะลุทะลวง: The proportion of individuals in a population that have a particular variant and express the trait caused by that variant. In other words, when a variant causes a trait but not everyone with the variant has the phenotype, the allele is said to be incompletely penetrant.

ฟีโนไทป์: The expressed characteristic or trait of an organism this can include an organism’s appearance, physical features, biochemistry, physiology, and behaviors. An organism’s phenotype can result from the genetic makeup (genotype) or can result from the interaction of genes and the environment.

Examples of phenotypes: coat color, blood type, disease status, etc.

Pigment: A compound that selectively absorbs certain wavelengths of light while reflecting others, which creates the appearance of a particular color. In mammals, the pigment eumelanin is responsible for shades of black and brown coloration, and the pigment phaeomelanin is responsible for shades of yellow and red.

Pleiotropy: Occurs when a single gene affects multiple phenotypic characteristics.

Example: The mutation responsible for leopard complex spotting in horses affects coat pigmentation as well as vision in low light conditions.

ความหลากหลาย: The occurrence of two or more different sequence variants at a particular locus.

ถอย: A trait is recessive when two copies of a variant allele are needed to produce (express) the phenotype.

RNA: Ribonucleic Acid, a single-stranded organic molecule composed of nucleotides. Like DNA, RNA is a nucleic acid made up of a chain of nucleotides unlike DNA, it is single-stranded instead of double helix, has a ribose sugar backbone instead of a deoxyribose sugar backbone, and contains the nitrogenous base uracil (U) in place of thymine (T). One of the main roles of RNA in the cell is to be the messenger or intermediate of genetic information. DNA is used as the template to make RNA in a process known as transcription, and then RNA is used as a template to make protein products by the process of translation.

Self-color (coat coloration): Term used in cat and dog breeding. The individual hairs of an animal described as “self-colored” are unbanded along the hair shaft, resulting in the appearance of a solid, uniform color from the tip of the hair to the base of the hair. (In contrast, mammals with agouti banded hair have alternating areas of black and red pigments along individual hair shafts, creating a banding pattern.)

Sex-linked: A gene that is sex-linked resides on one of the sex-determining chromosomes. In mammals, these are the X or Y chromosomes. Sex-linked traits follow a different inheritance pattern than non-sex-linked traits (autosomal traits) because of the way sex chromsomes are inhertied. In other words males have one X and one Y and females have two X chromosomes. Many sex-linked traits in mammals are X-linked recessive, meaning the causal variant is located on the X chromosome and females need two copies to have the trait where males will only need one.

Short tandem repeats (STR): A repetitive pattern found in DNA in which a short sequence of nucleotide base pairs, usually 1-6 base pairs, is tandemly repeated as a unit (i.e. one repeat right after the next). STRs occur most frequently in noncoding regions of the genome.

Single nucleotide polymorphism (SNP): A type of genetic variation in which a single base is substituted at a specific location. For example in the stretch of sequence TAANSTCTGACACAAT if the first G was substituted for a T then the sequence would become TAANSTCTGACACAAT. That SNP would be denoted as a G>T variant.

Splice site: Places in the DNA that have specific information on how a gene is put together. During the process of transcription, DNA is copied into RNA. There are regions of the DNA that code for proteins (exons) and non-coding regions that are intervening (introns). At the junction of intron-exon boundaries, there is specific sequence information that tells the cellular machinery to remove (splice) the introns out of the RNA and bring the exons together. Splice sites, then, are where splicing occurs at these intron-exon boundaries. During splicing, the non-coding introns are removed from precursor messenger RNA (pre-mRNA), which then produces mature messenger RNA (mature mRNA) that contains only coding exons. Changes in the genetic sequence of a splice site can affect splicing and subsequently produce an altered gene product.

Splice variant: A mutation that disrupts the normal splicing, or removal of an intron, that occurs when a gene is transcribed.

Transcription: The molecular process by which a DNA sequence is transcribed into RNA (usually messenger RNA, mRNA).

Translation: The molecular process by which transcribed RNA directs the synthesis of a protein product by encoding a sequence of amino acids.

Variant: An alternate form or version of a gene, also known as an allele. A variant is defined as a change in the DNA sequence when comparing individuals in a population.

Wild type: The wild type version of a gene (the wild-type allele) is the allele that existed before a mutation occurred in the population.

X-เชื่อมโยง: A gene that is X-linked resides on the X chromosome.

Because males (X/Y genotype) have only one X chromosome, they will express an X-linked trait if they inherit one copy of the trait-associated allele, regardless of whether the mode of inheritance is dominant or recessive.

In contrast, females (X/X genotype) will only express a X-linked recessive trait if they inherit two copies of the trait-associated allele.

ตัวอ่อน: The single cell formed by the union of gametes (sperm and egg) a fertilized egg.


DATA AVAILABILITY STATEMENT

The RNA-Seq data set analysed in this manuscript was submitted to the NCBI Sequence Read Archive (SRA) at https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra under accession number PRJNA544259. All other data generated or analysed during this study are included in this published article and its additional data files.

Filename คำอธิบาย
mpp13052-sup-0001-DataS1.xlsxapplication/excel, 22.5 KB DATA S1 Differential expression analysis in DM4-1-3 interval. RNA-Seq transcript abundance values (in absolute numbers of uniquely mapped fragments, calculated using HTSeq Anders et al., 2015 ) of 95 genes (when applicable with multiple predicted splice isoforms) in the DM4.1.3 locus in genotypes HS279 and NIL DM4.1.3 (three biological replicates per genotype) 3 days post inoculation with Pseudoperonospora cubensis. Gene IDs and annotations according to both reference genomes 9930 v2 (Li et al., 2011 ) and 9930 v3 (Li et al., 2019 ) are given. Average numbers of fragments per gene, as well as the average fold change between the two genotypes, are given. Significance of differential expression (BH-adjusted NS value) as determined with R package DEseq2 (Love et al., 2014 ) is given
mpp13052-sup-0002-DataS2.xlsxapplication/excel, 9 KB DATA S2 Nonsynonymous SNPs in DM4-1-3 interval. Nonsynonymous single nucleotide polymorphisms (SNPs) between genotypes HS279 and DM4.1.3 in genes within the DM4.1.3 locus, as determined using the SnpEff (Cingolani et al., 2012 ) algorithm. Location of the SNP based on the reference genome (Chinese Long 9930 v. 2) is given, the allele in both genotypes, the effect (amino acid substitution) on the encoded protein as well as the Gene ID, and the annotation of the gene in which the SNP occurs
mpp13052-sup-0003-DataS3.xlsxapplication/excel, 644.2 KB DATA S3 Genomic analysis of the AAP โลคัส Whole-genome sequencing (WGS) data (PE reads, 100 bp) of cucumber genotypes NIL DM4.1 and HS279, as well as RNA-Seq data (PE reads, 100 bp) of genotype HS279 were manually inspected using Integrative Genomics Viewer software (Robinson et al., 2011 ), layout as described in Additional Data Hernummer 4. Exons of the CsAAP2A gene (Csa4M573860.1) are indicated above as black boxes. A red box indicates the part of the CsAAP2A alignment which is represented in Data S4 in more detail. The RNA-Seq data of NIL DM4.1 are not shown because of the very low transcript abundance for the CsAAP2A ยีน
mpp13052-sup-0004-DataS4.pdfPDF document, 993.5 KB DATA S4 Genomic analysis of AAP locus in NIL DM4.1 reveals a large structural variation. Whole-genome resequencing data (paired-end reads, 100 bp) of cucumber genotype NIL DM4.1 were manually inspected using Integrative Genomics Viewer software (Robinson et al., 2011 ). A scale bar indicates the genomic position on the reference genome (Chinese Long 9930 v. 2). Coverage per bp of the reference genome is indicated by the bar graph. Nucleotides in resequencing reads not identical to the reference genome are indicated with colours (green for A, red for T, blue for C, brown for G), indels are indicated by black horizontal stripes. Reads for which the other mate in the mate pair was mapped on a different chromosome or with deviating insert sizes are indicated by nongrey colours. (a) Local alignment of reads to genomic locus Chr4: 18,885,310–18,885,674 (corresponding to the fourth exon of AAP gene Csa4M573860.1 plus surrounding introns) indicated an 11 bp stretch of the reference genome with double coverage compared to the rest of the reference genome reads with alignment problems before as well as after this 11 bp stretch, and flanking reads with mate pairs mapping to other genomic loci. (b) Local alignment of reads to genomic locus Chr4: 18,885,439–18,885,547 showing the findings in (a) in more detail
mpp13052-sup-0005-DataS5.epsimage/postscript, 743.2 KB DATA S5 Alignment of CUMULE TIR domains. Nucleotide sequence alignment of the first 118 bp of the CUMULE transposon sequence identified in the DM4.1.3 allele of the CsAAP2A gene with the reverse complement of the last 118 bp of the transposon sequence, indicating a near-perfect terminal inverted repeat
mpp13052-sup-0006-DataS6.epsimage/postscript, 2.2 MB DATA S6 Alignment of RNA-Seq data NIL DM4-1-3 to CUMULE transposon. Alignment of RNA-Seq data (paired-end reads, 100 bp) of cucumber genotype NIL DM4.1.3 to the newly identified CUMULE transposon sequence was manually inspected using Integrative Genomics Viewer software (Robinson et al., 2011 ), graphical representation as described in Data S4. Reads for which the other mate in the mate pair could not be mapped on the transposon are highlighted with red outlines. Below the alignment, a schematic representation of the annotated CUMULE transposon (as in Figure 2b) is drawn to scale
mpp13052-sup-0007-DataS7.pdfPDF document, 1.6 MB DATA S7 Alignment of CUMULE tandem repeat region. Multiple nucleotide sequence alignment of the 10 satellites in the tandem repeat region identified in the CUMULE transposon in CsAAP2A. A bar graph indicates the percentage conservation between the 10 repeats per bp
mpp13052-sup-0008-DataS8.docxWord document, 16.4 KB DATA S8 Nucleotide sequences CsAAP2A. Wild-type and mutant alleles of CsAAP2A on genomic and coding sequence level
mpp13052-sup-0009-DataS9.xlsxapplication/excel, 24.4 KB DATA S9 BLAST output of CUMULE elements in reference genome. A BLASTn search was performed using the 118 bp (5′) TIR domain, the 2,205 bp predicted MudrA gene, and the 1,599 bp predicted Ulp1 gene from the CUMULE transposon as queries against the cucumber reference genome (Chinese Long 9930 v. 2). Tabular blast output (standard BLAST output format 6) is given
mpp13052-sup-0010-DataS10.xlsxapplication/excel, 172 KB DATA S10 เป็นธรรมชาติ CsAAP2A polymorphisms in 115 resequenced cucumber accessions. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) detected by Qi et al. ( 2013 ) in a collection of 115 cucumber accessions were manually filtered to select polymorphisms in CsAAP2A (i.e. filtered on genomic position Chr4: 18,882,371–18,886,704) and annotated using the SnpEff algorithm (Cingolani et al., 2012 ). Data on DM susceptibility of these accessions was obtained from Liu et al. ( 2020 )
mpp13052-sup-0011-DataS11.epsimage/postscript, 2.6 MB DATA S11 Alignment of predicted AAP protein sequences with/without TE insertion. Multiple amino acid sequence alignment of the predicted sequence of the wild-type CsAAP2A gene with the allele encoded by the TE-allele of the CsAAP2A gene identified in the DM4.1.3 locus
mpp13052-sup-0012-DataS12.xlsxapplication/excel, 9.4 KB DATA S12 Identification of EMS mutant alleles CsAAP2A. A TILLING library of cucumber ethyl methanesulfonate (EMS) mutants was screened for mutant alleles of CsAAP2A. Seven mutants were identified. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) and their effects on the encoded AAP protein are indicated
mpp13052-sup-0013-DataS13.epsimage/postscript, 8.9 MB DATA S13 Phenotype of EMS mutant csaap2a ใน Pseudoperonospora cubensis disease assay. Representative photographs of plants from the bioassay described in Figure 3, 7 days postinoculation with P. cubensis. Left: a plant homozygous for the ethyl methanesulfonate (EMS)-induced mutation in CsAAP2A. Right: a plant homozygous for the wild-type allele of CsAAP2A
mpp13052-sup-0014-DataS14.epsimage/postscript, 1.3 MB DATA S14 csaap2a TILLING mutant is partially resistant to Pseudoperonospora cubensis. A cucumber TILLING population was screened for mutants in CsAAP2A (Data S12). A mutant with an early stop codon—W25Stop—was selected for phenotyping. The disease assay described in Figure 3 was also scored for sporulation at 7 days postinoculation. Bars represent average phenotype scores on a 1–9 scale, ranging from susceptible to resistant. Error bars represent standard deviation. Whereas plants with the ethyl methanesulfonate (EMS)-induced mutation in CsAAP2A appeared to sporulate slightly less compared to other plants, this effect was not statistically significant (Kruskal–Wallis, NS > .05)
mpp13052-sup-0015-DataS15.xlsxapplication/excel, 15.7 KB DATA S15 Identified AAP homologs in 10 plant species. AAP genes identified in the genomes of Arabidopsis ธาเลียนา, Medicago trunculata, Oryza sativa, Physcomitrella, Selaginella moellendorffii, Solanum lycopersicum, Cucumis sativus, Cucumis, Citrullus lanatus ย่อย Vulgaris, และ Cucurbita pepo ย่อย pepo. Gene name abbreviations as used in Data S16 are given, the gene accession codes of the respective genome annotations, the clades to which the genes belong according to the phylogenetic analysis described in Data S16, and the sizes of the predicted protein (in number of amino acids)
mpp13052-sup-0016-DataS16.epsimage/postscript, 3.5 MB DATA S16 Phylogenetic analysis of AAP genes in 10 plant species. A multiple protein sequence alignment was made of putative AAP proteins identified in the genomes of 10 plant species. A maximum-likelihood tree was constructed using CLC Genomics Workbench v. 11, represented here as a cladogram. Numbers at nodes represent bootstrap values in percentages (1,000 bootstrap replications). Nodes with bootstrap support values <50% were collapsed. Candidate gene CsAAP2A (Csa4M573860.1) is highlighted in green. Accession numbers of sequences in the phylogenetic tree are available in Data S11
mpp13052-sup-0017-DataS17.epsimage/postscript, 1.6 MB DATA S17 Expression profile of cucumber AAP ยีนใน Pseudoperonospora cubensis inoculated leaves of genotype NIL DM4.1.3. Relative expression level of cucumber AAP genes in leaves of partial downy mildew resistant cucumber genotype NIL DM4.1.3 in response to inoculation with P. cubensis or a mock treatment. Relative transcript abundances at 1, 3, 5, and 7 days postinoculation (dpi) with P. cubensis were determined using quantitative reverse transcription PCR (RT-qPCR). Data were normalized relative to reference gene TIP41 and subsequently normalized relative to the average ∆NS value of mock-treated HS279 plants (Figure 5b) at 1 dpi for each gene. Relative transcript abundances were calculated as 2 −∆∆ t . Each bar shows the relative expression of three biological replicates on a logarithmic scale. โปรดทราบว่า y axis for CsAAP2A is different compared to the other genes, as the gene was barely detectable by RT-qPCR in this genotype. Error bars indicate standard deviation. Asterisks indicate significant differences between mock-treated and inoculated plants (analysis of variance, NS < .05)
mpp13052-sup-0018-DataS18.xlsxapplication/excel, 11.5 KB DATA S18 List of used primers. A list of primers used in this manuscript. Names as used in this manuscript are given, plus the nucleotide sequences of the primers, in 5′ to 3′ orientation
mpp13052-sup-0019-DataS19.epsimage/postscript, 23.5 MB DATA S19 cDNA sequence alignment of SlAAP5A และ SlAAP5B alleles in CRISPR-Cas9 mediated mutants. Multiple sequence alignment of cDNA from four tomato mutants compared to the reference allele
mpp13052-sup-0020-DataS20.epsimage/postscript, 7.9 MB DATA S20 Protein sequence alignment of SlAAP5A and SlAAP5B alleles in CRISPR-Cas9 mediated mutants. Multiple sequence alignment of predicted protein sequences from four tomato mutants compared to the reference allele

Please note: The publisher is not responsible for the content or functionality of any supporting information supplied by the authors. Any queries (other than missing content) should be directed to the corresponding author for the article.


ดูวิดีโอ: How to find gene information from NCBI gene ID. Transcript ID. Gene name from NCBI (สิงหาคม 2022).